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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e4p | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure Analysis of Magnetically Oriented Microcrystals of Lysozyme at 1.8 angstrom Resolution | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å | ||||||
データ登録者 | Tsukui, S. / Kimura, F. / Garman, E.F. / Baba, S. / Mizuno, N. / Mikami, B. / Kimura, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2016 タイトル: X-ray crystal structure analysis of magnetically oriented microcrystals of lysozyme at 1.8 A resolution 著者: Tsukui, S. / Kimura, F. / Garman, E.F. / Baba, S. / Mizuno, N. / Mikami, B. / Kimura, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e4p.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e4p.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e4p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vdqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.14 % |
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結晶化 | 温度: 313 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG4000, Sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→49.39 Å / Num. obs: 7494 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 12.1 % / Net I/σ(I): 19.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VDQ 解像度: 1.792→38.165 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.792→38.165 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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