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万見
- PDB-5e37: Redox protein from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+37
タイトルRedox protein from Chlamydomonas reinhardtii
要素EF-Hand domain-containing thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Calredoxin / calcium- / redox- / Chlamydomonas reinhardtii
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
チオレドキシン / EFハンド / Recoverin; domain 1 / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...チオレドキシン / EFハンド / Recoverin; domain 1 / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Thioredoxin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-Hand domain-containing thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Charoenwattansatien, R. / Hochmal, A.K. / Zinzius, K. / Muto, R. / Tanaka, H. / Hippler, M. / Kurisu, G.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Funding Program for Next Generation World-Leading Researchers from the Cabinet Office of JapanGS016 日本
International Joint Research Promotion Program and International Collaborative Research Program, Osaka University 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Calredoxin represents a novel type of calcium-dependent sensor-responder connected to redox regulation in the chloroplast
著者: Hochmal, A.K. / Zinzius, K. / Charoenwattanasatien, R. / Gabelein, P. / Mutoh, R. / Tanaka, H. / Schulze, S. / Liu, G. / Scholz, M. / Nordhues, A. / Offenborn, J.N. / Petroutsos, D. / ...著者: Hochmal, A.K. / Zinzius, K. / Charoenwattanasatien, R. / Gabelein, P. / Mutoh, R. / Tanaka, H. / Schulze, S. / Liu, G. / Scholz, M. / Nordhues, A. / Offenborn, J.N. / Petroutsos, D. / Finazzi, G. / Fufezan, C. / Huang, K. / Kurisu, G. / Hippler, M.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EF-Hand domain-containing thioredoxin
C: EF-Hand domain-containing thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,22110
ポリマ－79,9012
非ポリマー3218
水15,295849
1
A: EF-Hand domain-containing thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1115
ポリマ－39,9501
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: EF-Hand domain-containing thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1115
ポリマ－39,9501
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.960, 55.190, 89.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EF-Hand domain-containing thioredoxin


分子量: 39950.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_205510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A8IXH4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE IS FROM PHYTOZOME DATABASE, CRE03.G202950.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5 M LiSO4 in 0.1 M MES-NaOH buffer pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 108097 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.794 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23251 5367 4.9 %RANDOM
Rwork0.19879 ---
obs0.20046 103272 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4853 0 8 849 5710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0194947
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2261.9796660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.126310846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93825.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62115910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7921524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6252.2822493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6222.2812492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6673.4153111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6673.4163112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7832.6062454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7822.6072455
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6073.7643550
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.26822.80922581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.04622.24121531
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 394 -
Rwork0.258 7606 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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