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- PDB-1mzg: X-Ray Structure of SufE from E.coli Northeast Structural Genomics... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzg
タイトルX-Ray Structure of SufE from E.coli Northeast Structural Genomics (NESG) Consortium Target ER30
要素SufE Protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


metallo-sulfur cluster assembly / sulfurtransferase complex / sulfur carrier activity / sulfur compound metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / enzyme activator activity / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfuration protein SufE / Fe-S metabolism associated domain, SufE-like / Fe-S metabolism associated domain / Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine desulfuration protein SufE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuzin, A. / Edstrom, W.C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The SufE sulfur-acceptor protein contains a conserved core structure that mediates interdomain interactions in a variety of redox protein complexes
著者: Goldsmith-Fischman, S. / Kuzin, A. / Edstrom, W.C. / Benach, J. / Shastry, R. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Honig, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2002年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SufE Protein
B: SufE Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2462
ポリマ－34,2462
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.190, 54.401, 120.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SufE Protein


分子量: 17122.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPOTHETICAL TARGET ER30 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76194
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 34% PEG3350, 3% Methanol, 0.1M Tris pH 8.9, 0.2M Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 302.0K
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
134 %(w/v)PEG33501reservoir
2200 mMsodium acetate1reservoir
33 %(v/v)methanol1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9792
検出器日付: 2002年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.2 Å / Num. obs: 17893 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.9 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1252026.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 862 4.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all-17893 --
obs-17882 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9236 Å2 / ksol: 0.350805 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.22 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----10.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 0 185 2515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 130 4.9 %
Rwork0.226 2499 -
obs--82.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.9 Å / % reflection Rfree: 4.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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