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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mzg | ||||||
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タイトル | X-Ray Structure of SufE from E.coli Northeast Structural Genomics (NESG) Consortium Target ER30 | ||||||
要素 | SufE Protein上海財経大学 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sulfur incorporation into metallo-sulfur cluster / sulfur carrier activity / iron-sulfur cluster assembly / positive regulation of catalytic activity / enzyme activator activity / response to oxidative stress / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A. / Edstrom, W.C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: The SufE sulfur-acceptor protein contains a conserved core structure that mediates interdomain interactions in a variety of redox protein complexes 著者: Goldsmith-Fischman, S. / Kuzin, A. / Edstrom, W.C. / Benach, J. / Shastry, R. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Honig, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mzg.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mzg.ent.gz | 56.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/1mzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/1mzg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17122.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPOTHETICAL TARGET ER30 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76194 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 34% PEG3350, 3% Methanol, 0.1M Tris pH 8.9, 0.2M Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 302.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 30 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9792 |
検出器 | 日付: 2002年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.2 Å / Num. obs: 17893 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.9 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1252026.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9236 Å2 / ksol: 0.350805 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.9 Å / % reflection Rfree: 4.9 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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