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- PDB-5hbb: Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hbb
タイトルCrystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosus GG - E139A mutant
要素Cell surface protein SpaA
キーワードCELL ADHESION / Pilin / spaA / probiotic / isopeptide / SpaCBA pili / adhesin
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Cell surface protein SpaA
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/PR5891/BRB/10/1098/2012 インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: New insights about pilus formation in gut-adapted Lactobacillus rhamnosus GG from the crystal structure of the SpaA backbone-pilin subunit
著者: Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V.
履歴
登録2015年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Cell surface protein SpaA
A: Cell surface protein SpaA
C: Cell surface protein SpaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,74826
ポリマ－91,9963
非ポリマー75123
水5,152286
1
B: Cell surface protein SpaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9249
ポリマ－30,6651
非ポリマー2588
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
2
A: Cell surface protein SpaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9249
ポリマ－30,6651
非ポリマー2588
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
3
C: Cell surface protein SpaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9018
ポリマ－30,6651
非ポリマー2357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.950, 63.488, 104.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11BA39 - 30112 - 274
21AB39 - 30112 - 274
12BA39 - 30112 - 274
22CC39 - 30112 - 274
13AB38 - 30111 - 274
23CC38 - 30111 - 274

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Cell surface protein SpaA


分子量: 30665.463 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-302 / 変異: E139A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)
株: GG / 遺伝子: LRHM_0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: C7T9P4
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium thiocynate, 15% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→111.8 Å / Num. obs: 44441 / % possible obs: 83.53 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08946 / Rsym value: 0.09943 / Net I/σ(I): 17.36
反射 シェル解像度: 2.466→2.554 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / % possible all: 27.02

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F44

5f44


解像度: 2.47→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 13.007 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 2240 5 %RANDOM
Rwork0.20045 ---
obs0.2013 42201 83.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20.56 Å2
2---3.21 Å20 Å2
3---2.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.47→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6049 0 38 286 6373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026196
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11.9388422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853313019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.745793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.88925.62274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4815948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6321515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2450.3423184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2110.343180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4890.5023971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4910.5043972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6990.5933012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6990.5933012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3960.7434452
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.2173.0876883
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.2173.0916884
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B144600.07
12A144600.07
21B144990.07
22C144990.07
31A143700.08
32C143700.08
LS精密化 シェル解像度: 2.465→2.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 43 -
Rwork0.279 863 -
obs--22.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2005-0.1931.65020.40260.04732.532-0.13460.0636-0.07270.05390.04980.0573-0.05380.0670.08480.01190.02780.00590.3509-0.02420.0166-22.229-39.39450.689
21.7947-0.51621.19561.1605-1.8055.0405-0.02490.04810.21080.0591-0.0242-0.0658-0.60110.31060.04910.1961-0.0381-0.01830.2965-0.01490.0504-38.33-22.51219.184
31.7016-0.95181.22091.8933-1.68334.6979-0.0203-0.02760.08680.1590.05070.0072-0.2503-0.0012-0.03030.0384-0.03160.00050.2720.02740.0113-54.406-15.757-16.163
41.87170.0330.9531.8986-0.96435.64350.07930.1636-0.1647-0.3949-0.015-0.15180.35430.2938-0.06430.10090.00680.01670.21560.00450.0312-59.799-13.442-54.923
52.24790.82811.15091.28790.45265.44480.17110.0847-0.28160.03390.0841-0.09230.3497-0.2919-0.25520.2273-0.0347-0.09580.32110.05650.070319.006-40.178117.156
61.69060.12341.79191.1120.60264.96740.0851-0.0017-0.06250.2211-0.08760.09320.1205-0.12030.00250.0633-0.0240.0070.46560.02270.0373-5.039-43.10586.232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2A178 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3B39 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4B178 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5C38 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6C178 - 302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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