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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hbb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosus GG - E139A mutant | ||||||
要素 | Cell surface protein SpaA細胞膜 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Pilin (ピリン) / spaA / probiotic (プロバイオティクス) / isopeptide / SpaCBA pili / adhesin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Lactobacillus rhamnosus GG (ラクチカゼイバチルス・ラムノースス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: New insights about pilus formation in gut-adapted Lactobacillus rhamnosus GG from the crystal structure of the SpaA backbone-pilin subunit 著者: Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hbb.cif.gz | 319.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hbb.ent.gz | 259.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hbb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30665.463 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-302 / 変異: E139A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG (ラクチカゼイバチルス・ラムノースス) 株: GG / 遺伝子: LRHM_0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: C7T9P4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium thiocynate, 15% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→111.8 Å / Num. obs: 44441 / % possible obs: 83.53 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08946 / Rsym value: 0.09943 / Net I/σ(I): 17.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.466→2.554 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / % possible all: 27.02 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5F44 解像度: 2.47→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 13.007 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.418 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.47→111.8 Å
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拘束条件 |
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