PDB-5d7w: Crystal structure of serralysin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d7w

タイトル

Crystal structure of serralysin

要素

Serralysin

セラリシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

protease (プロテアーゼ) /

metalloprotease (金属プロテアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

セラリシン / symbiont-mediated killing of host cell /

細胞外マトリックス /

metalloendopeptidase activity /

toxin activity /

calcium ion binding /

タンパク質分解 /

extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Wu, D. / Ran, T. / Xu, D.Q. / Wang, W.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structure of a thermostable serralysin from Serratia sp. FS14 at 1.1 angstrom resolution.
著者: Wu, D. / Ran, T. / Wang, W. / Xu, D.

履歴

登録	2015年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d7w.cif.gz	127 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d7w.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/5d7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/5d7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i35S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1srp-d 1go7-d 4i35-d 1k7i-d 1k7q-d 1sat-d 1o0t-d 1akl-d 5kty-d 1om7-d 6eod-2 4v2k-1 1go8-d 3hb2-d 1k7g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (5) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serralysin

ヘテロ分子

50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.300, 105.400, 151.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serralysin / セラリシン / Extracellular metalloproteinase / Zinc proteinase 分子量: 50267.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-487 / 変異: P250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Serratia (セラチア属) / 参照: UniProt: P23694, セラリシン
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 8000,Ammonium sulfate,sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 273151 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.01 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.96
反射シェル	解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 6.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4i35

4i35

解像度: 1.1→19.628 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1861	13783	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1754	-	-	-
obs	0.1759	273145	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3561	0	20	696	4277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3791
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	5170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.06	1306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0987-1.1112	0.3039	431	0.3012	8146	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1112-1.1243	0.2857	497	0.2781	8523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1243-1.138	0.2999	440	0.2671	8643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.138-1.1524	0.2579	451	0.2591	8612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1524-1.1676	0.2511	443	0.2547	8588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1676-1.1835	0.2699	479	0.2487	8592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1835-1.2004	0.241	505	0.2418	8554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2004-1.2184	0.2199	421	0.2303	8673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2184-1.2374	0.2256	452	0.2248	8622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2374-1.2577	0.2439	483	0.222	8569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2577-1.2794	0.2213	484	0.217	8636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2794-1.3026	0.2262	478	0.2084	8579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3026-1.3277	0.2058	442	0.2004	8659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3277-1.3548	0.1944	457	0.2004	8623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3548-1.3842	0.2111	475	0.1959	8609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3842-1.4164	0.2014	463	0.1865	8696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4164-1.4518	0.195	505	0.1861	8600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4518-1.4911	0.1988	483	0.1789	8604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4911-1.5349	0.1898	443	0.173	8707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5844	0.1858	449	0.1687	8675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5844-1.641	0.1607	464	0.1656	8683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.641-1.7067	0.1849	455	0.1627	8717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7067-1.7843	0.1628	443	0.1593	8704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7843-1.8783	0.1703	477	0.1603	8696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8783-1.9959	0.1722	455	0.1626	8745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9959-2.1499	0.1501	446	0.1532	8776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1499-2.3659	0.1754	447	0.1531	8812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3659-2.7075	0.1799	430	0.1619	8841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7075-3.4082	0.1711	440	0.1616	8906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4082-19.6314	0.1589	445	0.1502	8572	X-RAY DIFFRACTION	93

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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