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- PDB-5cqd: Crystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cqd
タイトルCrystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / APOBEC / deaminase (脱アミノ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing / : / P-body / defense response to virus / 自然免疫系 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095558 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM109770 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI064046 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the DNA Deaminase APOBEC3B Catalytic Domain.
著者: Shi, K. / Carpenter, M.A. / Kurahashi, K. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
C: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5499
ポリマ－43,9582
非ポリマー5917
水1,35175
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4136
ポリマ－21,9791
非ポリマー4345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1363
ポリマ－21,9791
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.440, 50.840, 70.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B / A3B / Phorbolin-1-related protein / Phorbolin-2/3


分子量: 21978.963 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 187-378 / 変異: F200S, W228S, L230K, Y250S, F308K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UH17, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→52.8 Å / Num. obs: 18464 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge F obs: 0.076 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.08→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2166: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V4K

3v4k


解像度: 2.08→46.14 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 971 5 %Random selection
Rwork0.1877 ---
obs0.1897 18464 90.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3063 0 32 75 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5664313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6551881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0802-2.13230.3421800.33071453X-RAY DIFFRACTION49
2.1323-2.18990.37231210.30322221X-RAY DIFFRACTION75
2.1899-2.25430.39791190.31412349X-RAY DIFFRACTION80
2.2543-2.32710.3191420.28992642X-RAY DIFFRACTION89
2.3271-2.41030.29231460.25972814X-RAY DIFFRACTION95
2.4103-2.50680.31141550.2452864X-RAY DIFFRACTION99
2.5068-2.62080.27181530.20932949X-RAY DIFFRACTION99
2.6208-2.7590.26311530.21472891X-RAY DIFFRACTION98
2.759-2.93180.23261540.20632910X-RAY DIFFRACTION98
2.9318-3.15820.2051540.19732934X-RAY DIFFRACTION99
3.1582-3.47590.24581500.18042857X-RAY DIFFRACTION97
3.4759-3.97860.19331500.16592822X-RAY DIFFRACTION95
3.9786-5.01170.1661460.14432816X-RAY DIFFRACTION95
5.0117-46.15150.21971450.17332884X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23350.19280.11630.160.09610.0570.163-0.1017-0.24620.0205-0.1277-0.098-0.12820.1971-00.49640.02750.00340.4083-0.03640.529879.93662.6578-1.3874
20.58190.3353-0.32970.8975-0.22720.44630.0514-0.10310.0048-0.0547-0.0270.0075-0.0658-0.006600.4231-0.0076-0.00930.45560.0110.425571.350211.82912.8985
30.0395-0.0099-0.04240.0206-0.00290.05420.07350.22540.1308-0.071-0.1593-0.1559-0.50190.194200.4954-0.03010.02720.5082-0.00540.485161.926520.8272-32.7342
40.2051-0.05720.12980.2261-0.36740.61880.0717-0.04860.0329-0.11510.05540.0378-0.032-0.11100.4157-0.0191-0.0190.43080.01430.443845.080312.637-34.4006
50.1626-0.36560.2890.851-0.67840.54670.01170.03060.0624-0.0719-0.0109-0.10120.26220.08740.00090.424-0.01730.00030.4018-0.010.414559.03489.7334-27.5433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 186 through 214 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 215 through 378 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 188 through 214 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 215 through 309 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 310 through 379 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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