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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c8j | ||||||||||||
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タイトル | A YidC-like protein in the archaeal plasma membrane | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / membrane protein insertase (生体膜) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.502 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Borowska, M.T. / Dominik, P.K. / Anghel, S.A. / Kossiakoff, A.A. / Keenan, R.J. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: A YidC-like Protein in the Archaeal Plasma Membrane. 著者: Borowska, M.T. / Dominik, P.K. / Anghel, S.A. / Kossiakoff, A.A. / Keenan, R.J. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c8j.cif.gz | 921.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c8j.ent.gz | 802 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25591.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: OBTAINED BY PHAGE DISPLAY FROM A LIBRARY OF HUMAN IGG. ANTIBODY FRAGMENT; THE CDRS ARE COMPLETELY SYNTHETIC 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) #2: 抗体 | 分子量: 23298.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: OBTAINED BY PHAGE DISPLAY FROM A LIBRARY OF HUMAN IGG. ANTIBODY FRAGMENT; THE CDRS ARE COMPLETELY SYNTHETIC 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) #3: タンパク質 | 分子量: 24156.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ0480 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57904 #4: 糖 | ChemComp-LMT / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.08 M calcium acetate and 18% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→76.4 Å / Num. obs: 55459 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 8.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.502→89.774 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 283.73 Å2 / Biso mean: 114.6489 Å2 / Biso min: 34.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.502→89.774 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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