[日本語] English
万見
- PDB-5c1z: Parkin (UblR0RBR) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c1z
タイトルParkin (UblR0RBR)
要素E3 ubiquitin-protein ligase parkin
キーワードLIGASE (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / regulation protein catabolic process at presynapse / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of primary amine oxidase activity / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of glucokinase activity ...positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / regulation protein catabolic process at presynapse / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of primary amine oxidase activity / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of glucokinase activity / negative regulation of exosomal secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / positive regulation of mitochondrial fusion / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein K29-linked ubiquitination / レビー小体 / protein K27-linked ubiquitination / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / free ubiquitin chain polymerization / negative regulation of actin filament bundle assembly / regulation of synaptic vesicle transport / negative regulation of mitochondrial fusion / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of protein linear polyubiquitination / F-box domain binding / negative regulation by host of viral genome replication / dopaminergic synapse / positive regulation of mitophagy / cellular response to toxic substance / regulation of dopamine metabolic process / regulation of necroptotic process / regulation of cellular response to oxidative stress / autophagy of mitochondrion / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of dendrite extension / norepinephrine metabolic process / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to mitochondrion / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to membrane / negative regulation of JNK cascade / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to dopamine / mitochondrial fission / aggresome assembly / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / aggresome / ERAD pathway / regulation of reactive oxygen species metabolic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine metabolic process / regulation of dopamine secretion / ubiquitin-specific protease binding / startle response / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / protein monoubiquitination / protein K63-linked ubiquitination / cullin family protein binding / phospholipase binding / マイトファジー / regulation of protein ubiquitination / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of insulin secretion / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of DNA binding / cellular response to unfolded protein / cellular response to manganese ion / protein autoubiquitination / ubiquitin ligase complex / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Hsp70 protein binding / heat shock protein binding / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / response to endoplasmic reticulum stress / mitochondrion organization / tubulin binding / adult locomotory behavior / Josephin domain DUBs / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein phosphorylation / ubiquitin binding / 学習 / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / regulation of autophagy / G protein-coupled receptor binding / PDZ domain binding / proteasomal protein catabolic process / オートファジー / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / regulation of protein stability
類似検索 - 分子機能
: / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain ...: / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者kumar, A. / Aguirre, J.D. / Condos, T.E.C. / Martinez-Torres, R.J. / Chaugule, V.K. / Toth, R. / Sundaramoorthy, R. / Mercier, P. / Knebel, A. / Spratt, D.E. ...kumar, A. / Aguirre, J.D. / Condos, T.E.C. / Martinez-Torres, R.J. / Chaugule, V.K. / Toth, R. / Sundaramoorthy, R. / Mercier, P. / Knebel, A. / Spratt, D.E. / Barber, K.R. / Shaw, G.S. / Walden, H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Disruption of the autoinhibited state primes the E3 ligase parkin for activation and catalysis.
著者: Kumar, A. / Aguirre, J.D. / Condos, T.E. / Martinez-Torres, R.J. / Chaugule, V.K. / Toth, R. / Sundaramoorthy, R. / Mercier, P. / Knebel, A. / Spratt, D.E. / Barber, K.R. / Shaw, G.S. / Walden, H.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,92826
ポリマ－91,2502
非ポリマー1,67824
水12,809711
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,46413
ポリマ－45,6251
非ポリマー83912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,46413
ポリマ－45,6251
非ポリマー83912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.310, 67.320, 206.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson disease protein 2


分子量: 45625.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK2, PRKN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O60260, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 5種, 735分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: LiSO4, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→56.36 Å / Num. all: 87826 / Num. obs: 87891 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K95

4k95


解像度: 1.79→56.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9505 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9461 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2123 4270 4.86 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.1925 87826 98.42 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8921 Å20 Å20 Å2
2---3.9323 Å20 Å2
3---8.8245 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.255 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→56.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6180 0 52 711 6943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.948677HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2239SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes958HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6381HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion805SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7754SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 292 4.59 %
Rwork0.2243 6072 -
all0.2245 6364 -
obs--98.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9566-0.4301-1.28370.60940.58671.9418-0.1624-0.0006-0.0999-0.0386-0.00620.05280.2089-0.04540.16860.0044-0.0067-0.0038-0.0353-0.0096-0.064-13.210510.38428.1537
20.5887-0.42570.57710.9742-1.28221.8729-0.0094-0.04160.0489-0.0016-0.1606-0.0994-0.05170.20690.17-0.0317-0.0069-0.00960.015-0.0022-0.063-27.2312-3.622543.3544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る