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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bmi | ||||||
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タイトル | Nitroxide Spin Labels in Protein GB1: T44 Mutant, Crystal Form A | ||||||
要素 | Immunoglobulin G-binding protein G | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Bacterial Proteins (細菌) / Electron Spin Resonance Spectroscopy (電子スピン共鳴) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. group G (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Cunningham, T.C. / Horne, W.S. / Saxena, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016 タイトル: Rotameric preferences of a protein spin label at edge-strand beta-sheet sites. 著者: Cunningham, T.F. / Pornsuwan, S. / Horne, W.S. / Saxena, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bmi.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bmi.ent.gz | 13.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bmi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 6230.848 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 304-357 / 変異: T44C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア) 遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MTN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.2 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25.03 Å / Num. obs: 1575 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 2QMT 解像度: 2.5→25.025 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 34.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25.025 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.5001 Å
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