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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5azi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glycerol kinase from Trypanosoma brucei gambiense complexed with 4NP | ||||||
要素 | (Glycerol kinase) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glycerol kinase / Phosphatase (ホスファターゼ) / 4NP / African trypanosomes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol catabolic process / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Balogun, E.O. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Tokuoka, S.M. / Tokumasu, F. / Sakamoto, K. / Michels, P.A.M. / Harada, S. / Kita, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2017 タイトル: Glycerol kinase of African trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity. 著者: Balogun, E.O. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Tokuoka, S.M. / Tokumasu, F. / Sakamoto, K. / Kido, Y. / Michels, P.A.M. / Watanabe, Y.I. / Harada, S. / Kita, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5azi.cif.gz | 781 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5azi.ent.gz | 651 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5azi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/5azi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/5azi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57064.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) 遺伝子: gk / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3+pRARE2) / 参照: UniProt: D3KVM3, glycerol kinase #2: タンパク質 | 分子量: 57144.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) 遺伝子: gk / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3+pRARE2) / 参照: UniProt: D3KVM3, glycerol kinase #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20-30% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.01M MAGNESIUM SULPHATE, 11% 1,6-HEXANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 86170 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WXL 解像度: 2.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 20.009 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.931 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.992 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.45→20 Å
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拘束条件 |
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