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- PDB-5ajd: Not1 C-terminal domain in complex with Not4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ajd
タイトルNot1 C-terminal domain in complex with Not4
要素
  • CDC39P
  • GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CCR4-NOT / NOT1 / NOT4
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / pseudohyphal growth / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity / proteasomal protein catabolic process ...response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / pseudohyphal growth / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity / proteasomal protein catabolic process / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / negative regulation of translation / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #790 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #800 / RING/Ubox like zinc-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #790 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #800 / RING/Ubox like zinc-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cdc39p / General negative regulator of transcription subunit 1 / General negative regulator of transcription subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Bhaskar, V. / Basquin, J. / Conti, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Architecture of the Ubiquitylation Module of the Yeast Ccr4-not Complex.
著者: Bhaskar, V. / Basquin, J. / Conti, E.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDC39P
B: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
C: CDC39P
D: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
E: CDC39P
F: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
G: CDC39P
H: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
I: CDC39P
J: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
K: CDC39P
L: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,47512
ポリマ－433,47512
非ポリマー00
水0
1
A: CDC39P
B: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2462
ポリマ－72,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CDC39P
D: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2462
ポリマ－72,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: CDC39P
H: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2462
ポリマ－72,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: CDC39P
F: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2462
ポリマ－72,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: CDC39P
J: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2462
ポリマ－72,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: CDC39P
L: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2462
ポリマ－72,2462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.658, 173.658, 262.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5166, -0.8562, -0.0089), (-0.8562, 0.5166, 0.0047), (0.0005, 0.01, -0.9999)86.996, 48.8165, -84.5882
2given(0.4911, 0.8686, -0.0655), (0.8711, -0.4897, 0.0368), (-0.0001, -0.0751, -0.9972)-5.1648, 4.4922, -87.4099
3given(0.9995, -0.0297, 0.0064), (0.0298, 0.9995, -0.0049), (-0.0062, 0.0051, 1)-85.4594, -52.6274, -3.2839
4given(-0.9978, 0.0306, 0.0587), (-0.0324, -0.9991, -0.0286), (0.0578, -0.0305, 0.9979)85.5611, 54.4064, -7.1052
5given(0.5162, 0.8546, -0.0574), (0.8565, -0.5153, 0.0298), (-0.0042, -0.0646, -0.9979)-91.8035, -44.6605, -80.3198
6given(-0.5095, -0.8605, 0.0011), (-0.8605, 0.5095, -0.0021), (0.0013, -0.002, -1)87.4044, 49.0522, -84.0615
7given(0.474, 0.8788, -0.0545), (0.8805, -0.4736, 0.0208), (-0.0075, -0.0579, -0.9983)-3.5945, 3.1164, -87.1565
8given(0.9988, -0.0495, -0.0013), (0.0495, 0.9988, 0.0064), (0.0009, -0.0065, 1)-83.9602, -54.3893, -3.1947
9given(-0.9984, 0.032, 0.0466), (-0.0323, -0.9995, -0.0067), (0.0464, -0.0082, 0.9989)85.4874, 54.8067, -6.6063
10given(0.5146, 0.8561, -0.0473), (0.8573, -0.5148, 0.0088), (-0.0169, -0.0451, -0.9988)-91.0158, -46.0522, -79.8716

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要素

#1: タンパク質
CDC39P / NOT1


分子量: 64811.562 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1542-2094 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: CEN.PK113-7D / プラスミド: PEC-HIS-SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: N1P976, UniProt: P25655*PLUS
#2: タンパク質
GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 / MODULATOR OF TRANSCRIPTION 2 / NOT4


分子量: 7434.225 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 418-477 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PEC-HIS-GST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P34909
配列の詳細RSM RESIDUES ARE LEFT OVER AFTER THE TAG CLEAVAGE GPDSM RESIDUES ARE LEFT OVER AFTER THE TAG CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 10% (W/V) PEG 4000, 0.02 M OF 1, 6-HEXANEDIOL, 0.02 M OF 1-BUTANOL, 0.02 M OF 1, 2-PROPANEDIOL (RACEMIC), 0.02 M OF 2-PROPANOL, 0T.02 M OF 1,4- BUTANEDIOL, 0.02 M OF 1,3-PROPANEDIOL, 0.1 M ...詳細: 10% (W/V) PEG 4000, 0.02 M OF 1, 6-HEXANEDIOL, 0.02 M OF 1-BUTANOL, 0.02 M OF 1, 2-PROPANEDIOL (RACEMIC), 0.02 M OF 2-PROPANOL, 0T.02 M OF 1,4- BUTANEDIOL, 0.02 M OF 1,3-PROPANEDIOL, 0.1 M MOPS/HEPES-NA 7.5 AND 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.62→75.66 Å / Num. obs: 52676 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.26
反射 シェル解像度: 3.62→3.75 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BY6

4by6


解像度: 3.62→75.655 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 40.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3187 4961 5 %
Rwork0.2662 --
obs0.2688 99916 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.62→75.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24547 0 0 0 24547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60534345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5688429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0254132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6198-3.66090.38791550.39262952X-RAY DIFFRACTION93
3.6609-3.7040.46051680.38593201X-RAY DIFFRACTION100
3.704-3.74920.42661660.38433108X-RAY DIFFRACTION99
3.7492-3.79660.41451710.38873249X-RAY DIFFRACTION100
3.7966-3.84660.46731650.38693152X-RAY DIFFRACTION100
3.8466-3.89930.43561680.35923206X-RAY DIFFRACTION100
3.8993-3.9550.41691690.3663194X-RAY DIFFRACTION100
3.955-4.0140.39761630.3433176X-RAY DIFFRACTION99
4.014-4.07670.35481670.34253176X-RAY DIFFRACTION100
4.0767-4.14360.38541660.31923212X-RAY DIFFRACTION100
4.1436-4.2150.3681600.30753119X-RAY DIFFRACTION99
4.215-4.29170.36281690.31863179X-RAY DIFFRACTION99
4.2917-4.37420.34941680.31423203X-RAY DIFFRACTION99
4.3742-4.46350.34551640.30143122X-RAY DIFFRACTION99
4.4635-4.56050.33051680.29553223X-RAY DIFFRACTION99
4.5605-4.66660.38861610.26353114X-RAY DIFFRACTION100
4.6666-4.78330.3151690.26953203X-RAY DIFFRACTION99
4.7833-4.91260.29781570.26893148X-RAY DIFFRACTION99
4.9126-5.05710.33571610.27363171X-RAY DIFFRACTION99
5.0571-5.22030.3531630.27523191X-RAY DIFFRACTION99
5.2203-5.40680.32971680.28493228X-RAY DIFFRACTION100
5.4068-5.62320.32091630.2653149X-RAY DIFFRACTION99
5.6232-5.87910.31521690.27913163X-RAY DIFFRACTION100
5.8791-6.18890.39541690.27963195X-RAY DIFFRACTION100
6.1889-6.57640.37911700.27753176X-RAY DIFFRACTION100
6.5764-7.08390.33131660.26333186X-RAY DIFFRACTION100
7.0839-7.79610.30421690.25013209X-RAY DIFFRACTION100
7.7961-8.92270.261700.20173172X-RAY DIFFRACTION100
8.9227-11.23570.19781600.14633155X-RAY DIFFRACTION98
11.2357-75.67130.22991590.21723023X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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