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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ajc | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of RSL lectin in complex with sialyl lewis X tetrasaccharide | |||||||||
要素 | PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN (レクチン) / LEWIS X / BETA-PROPELLER (Βプロペラドメイン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | RALSTONIA SOLANACEARUM (青枯病菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Topin, J. / Arnaud, J. / Varrot, A. / Imberty, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016 タイトル: The Hidden Conformation of Lewis X, a Human Histo-Blood Group Antigen, is a Determinant for Recognition by Pathogen Lectins 著者: Topin, J. / Lelimousin, M. / Arnaud, J. / Audfray, A. / Perez, S. / Varrot, A. / Imberty, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ajc.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ajc.ent.gz | 58.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ajc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/5ajc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/5ajc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 9733.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RALSTONIA SOLANACEARUM (青枯病菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: D8NA05, UniProt: A0A0S4TLR1*PLUS |
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-糖 , 5種, 8分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Lewis X antigen / alpha anomer | ||
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#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Sialyl-Lewis X antigen / alpha anomer | ||
#6: 糖 | #7: 糖 | |
-非ポリマー , 2種, 363分子
#5: 化合物 | ChemComp-TRS / |
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#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | N TERMINAL METHIONINE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 6K 280MM TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→31.53 Å / Num. obs: 31053 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BT9 解像度: 1.7→34.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.35 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY OR ATOM WERE REMOVED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.412 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.07 Å
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拘束条件 |
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