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- PDB-4ch9: Crystal structure of the human KLHL3 Kelch domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ch9
タイトルCrystal structure of the human KLHL3 Kelch domain in complex with a WNK4 peptide
要素
  • KELCH-LIKE PROTEIN 3
  • SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX / KLHL3 / UBIQUITIN / ADAPTOR PROTEIN / PROTEIN-BINDING / KELCH REPEAT / WNK SIGNALLING PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


distal tubule morphogenesis / aldosterone secretion / renal sodium ion transport / regulation of potassium ion export across plasma membrane / negative regulation of pancreatic juice secretion / monoatomic ion homeostasis / negative regulation of sodium ion transport / intracellular chloride ion homeostasis / renal sodium ion absorption / macrophage activation ...distal tubule morphogenesis / aldosterone secretion / renal sodium ion transport / regulation of potassium ion export across plasma membrane / negative regulation of pancreatic juice secretion / monoatomic ion homeostasis / negative regulation of sodium ion transport / intracellular chloride ion homeostasis / renal sodium ion absorption / macrophage activation / potassium ion homeostasis / chloride transport / chloride ion binding / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ion channel inhibitor activity / response to dietary excess / cullin family protein binding / bicellular tight junction / negative regulation of protein localization to plasma membrane / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / calcium ion homeostasis / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / ERK1 and ERK2 cascade / macroautophagy / regulation of blood pressure / Stimuli-sensing channels / intracellular protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to xenobiotic stimulus / Neddylation / actin binding / cell body / ubiquitin-dependent protein catabolic process / gene expression / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / structural molecule activity / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like protein 3 / : / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Kelch-type beta propeller / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch ...Kelch-like protein 3 / : / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Kelch-type beta propeller / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase WNK4 / Kelch-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Schumacher, F.R. / Kurz, T. / Alessi, D.R. / Newman, J. / Goubin, S. / Chalk, R. / Kopec, J. / Tallant, C. / Williams, E. ...Sorrell, F.J. / Schumacher, F.R. / Kurz, T. / Alessi, D.R. / Newman, J. / Goubin, S. / Chalk, R. / Kopec, J. / Tallant, C. / Williams, E. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Characterisation of the Klhl3-Wnk Kinase Interaction Important in Blood Pressure Regulation.
著者: Schumacher, F. / Sorrell, F.J. / Alessi, D.R. / Bullock, A.N. / Kurz, T.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KELCH-LIKE PROTEIN 3
B: KELCH-LIKE PROTEIN 3
C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4
D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,16111
ポリマ－65,6774
非ポリマー4837
水10,395577
1
B: KELCH-LIKE PROTEIN 3
D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1286
ポリマ－32,8392
非ポリマー2904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
2
A: KELCH-LIKE PROTEIN 3
C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0325
ポリマ－32,8392
非ポリマー1943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-16.7 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.330, 84.760, 146.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.005915, -0.000156), (0.005855, 0.9853, -0.1706), (-0.000856, -0.1706, -0.9853)
ベクター: -0.05532, 0.2528, 3.526)

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 KELCH-LIKE PROTEIN 3


分子量: 31529.459 Da / 分子数: 2 / 断片: KELCH DOMAIN, RESIDUES 298-587 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE2 / 参照: UniProt: Q9UH77
#2: タンパク質・ペプチド SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4 / PROTEIN KINASE LYSINE-DEFICIENT 4 / PROTEIN KINASE WITH NO LYSINE 4


分子量: 1309.270 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 557-567 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: Q96J92, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 584分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSTION, 25-35 % PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M ACETATE (PH 4.3), 293 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→73.4 Å / Num. obs: 49110 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XN4

2xn4


解像度: 1.84→73.402 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 2496 5.1 %
Rwork0.1439 --
obs0.1459 49034 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→73.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4427 0 25 577 5029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1786287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8981620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.87540.24561130.17282233X-RAY DIFFRACTION85
1.8754-1.91370.20911150.15972365X-RAY DIFFRACTION91
1.9137-1.95530.19791460.14242509X-RAY DIFFRACTION96
1.9553-2.00080.23071400.14062567X-RAY DIFFRACTION99
2.0008-2.05080.16181370.13052600X-RAY DIFFRACTION99
2.0508-2.10630.18421490.12912553X-RAY DIFFRACTION99
2.1063-2.16820.17631610.13852573X-RAY DIFFRACTION99
2.1682-2.23820.20271370.1352572X-RAY DIFFRACTION99
2.2382-2.31820.17231180.1432613X-RAY DIFFRACTION100
2.3182-2.41110.20691410.14392626X-RAY DIFFRACTION100
2.4111-2.52080.16431260.1442651X-RAY DIFFRACTION100
2.5208-2.65370.16861640.13892590X-RAY DIFFRACTION99
2.6537-2.820.19741320.14492647X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.03770.15661270.13872623X-RAY DIFFRACTION100
3.0377-3.34340.18151220.13732651X-RAY DIFFRACTION99
3.3434-3.82720.17761460.14312652X-RAY DIFFRACTION99
3.8272-4.82170.16741520.1252683X-RAY DIFFRACTION99
4.8217-73.46040.20131700.18892830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.96324.5193-1.19644.1154-2.06622.103-0.0054-0.0451-0.00010.0358-0.03950.1825-0.19260.00370.00430.13230.0030.03380.1087-0.03850.1126-5.88465.8355-17.4235
25.52684.24833.31366.34455.29566.6844-0.1469-0.06730.4595-0.2181-0.06790.535-0.42770.03510.20390.12050.0005-0.01150.09980.00420.1372-5.46214.2838-18.4175
34.45621.1983-0.45553.7745-1.08063.043-0.05530.16390.2114-0.2754-0.00740.20010.01740.08170.1120.09620.0124-00.1067-0.0350.1014-1.90980.1514-23.6642
41.1187-0.24010.25150.68730.01840.9333-0.01420.1662-0.0733-0.0305-0.02940.04170.00860.03450.03040.0599-0.01250.0090.1084-0.02070.07663.9879-7.0565-25.2389
51.0888-0.0779-0.49231.18670.44011.79440.0251-0.0544-0.01590.03830.0177-0.0665-0.03170.1576-0.03310.0579-0.0036-0.00470.08130.01190.075416.5767-4.7011-12.2533
66.46235.27275.77535.27434.50465.49840.1042-0.1057-0.08230.2476-0.04030.02340.0113-0.0604-0.01010.10070.0060.03920.0785-0.01170.08625.8993.2528-4.2767
71.7192-0.20130.63320.41920.06551.3976-0.11710.03450.1945-0.03340.0350.0292-0.17290.050.06550.1161-0.01360.00950.0781-0.00150.0873.93019.2102-10.643
85.325-3.1645-0.74885.83421.28992.4814-0.0090.12920.1075-0.182-0.16440.0191-0.32040.08410.08880.0893-0.0019-0.00490.10450.01640.07485.81678.996419.6025
91.84730.0730.01842.3537-1.33763.683-0.14180.04890.47960.0764-0.1363-0.3492-0.73210.09740.19990.18790.0111-0.05210.1162-0.00840.16855.285517.683819.2153
101.54710.29180.21840.42760.0551.180.0633-0.2282-0.04150.0383-0.0567-0.0434-0.005-0.0136-0.00790.06160.0029-0.00320.12480.0170.0775-3.1665-1.326529.4233
111.77-1.5887-2.40572.51313.10844.19020.0312-0.0761-0.1406-0.0165-0.06680.0066-0.0125-0.1450.13540.0571-0.0129-0.00670.1260.02120.0825-17.1502-7.483524.9067
122.06150.4649-0.47620.9812-0.57751.64020.00830.10490.0039-0.0580.02930.0508-0.0403-0.1761-0.02930.06460.0109-0.01440.1006-0.00660.0538-16.03590.294512.2381
134.2313-2.79514.01014.3289-0.3686.4838-0.03890.233-0.0656-0.3090.075-0.3607-0.05940.19420.13160.0696-0.01260.02060.0948-0.00990.101-3.24491.99467.8036
142.17750.28610.69030.51230.0741.5488-0.1334-0.02290.20170.03910.0525-0.0498-0.1909-0.02340.06840.11180.01330.00130.0878-0.00520.0788-3.912111.019712.4379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 300:318)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 319:334)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 335:348)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 349:453)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 454:520)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 521:531)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 532:585)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 300:318)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 319:334)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 335:453)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 454:470)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 471:524)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 525:529)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 530:585)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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