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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a9d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the extracellular domain of PepT1 | ||||||
要素 | SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 1 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PEPT1 / EXTRACELLULAR CELLULAR DOMAIN / IGG-LIKE FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of amino acid transport / Proton/oligopeptide cotransporters / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / channel inhibitor activity / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / 刷子縁 ...negative regulation of amino acid transport / Proton/oligopeptide cotransporters / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / channel inhibitor activity / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / 刷子縁 / protein transport / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Beale, J.H. / Bird, L.E. / Owens, R.J. / Newstead, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Crystal Structures of the Extracellular Domain from Pept1 and Pept2 Provide Novel Insights Into Mammalian Peptide Transport 著者: Beale, J.H. / Parker, J.L. / Samsudin, F. / Barrett, A.L. / Senan, A. / Bird, L.E. / Scott, D. / Owens, R.J. / Sanson, M.S.P. / Tucker, S.J. / Meredith, D. / Fowler, P.W. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a9d.cif.gz | 158 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a9d.ent.gz | 131.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a9d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99902, -0.0423, -0.01325), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20870.225 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 391-579 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: POPINM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JIP7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20 % PEG 6000, 0.1 M MES PH 6.0, 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE, AT 10 MG.ML-1 AND A 4 DEGREES CELCIUS USING SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION PLATES. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→43 Å / Num. obs: 25179 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 43.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→43.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9437 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9252 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.322 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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