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Yorodumi- PDB-4xea: Crystal structure of putative M16-like peptidase from Alicyclobac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xea | ||||||
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Title | Crystal structure of putative M16-like peptidase from Alicyclobacillus acidocaldarius | ||||||
Components | Peptidase M16 domain protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metallopeptidase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Michalska, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of putative M16-like peptidase from Alicyclobacillus acidocaldarius Authors: Michalska, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xea.cif.gz | 192.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xea.ent.gz | 160.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xea.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xea_validation.pdf.gz | 448 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xea_full_validation.pdf.gz | 449.7 KB | Display | |
Data in XML | 4xea_validation.xml.gz | 18 KB | Display | |
Data in CIF | 4xea_validation.cif.gz | 25.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/4xea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/4xea | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 48761.777 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V427L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (bacteria) Gene: Aaci_1020 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) Magic / References: UniProt: C8WVD6 |
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-Non-polymers , 5 types, 147 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NA / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-NI / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Compound details | The complete sequence was the following: ...The complete sequence was the following: MHHHHHHSSG |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.17 M Na acetate, 0.085 M Tris/HCl, pH 8.5, 25.5% PEG4000, 15% glycerol,chymotrypsin treated |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2013 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→30 Å / Num. obs: 40177 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.577 / Net I/σ(I): 23.447 / Num. measured all: 463809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.95→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 8.38 / SU ML: 0.106 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED. THE NI ION HAS BEEN MODELED PRIMIARILY BASED ON X-RAY FLUORESCENCE SPECTRUM AS ITS COORDINATION SPHERE IS NOT WELL-DEFINED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.99 Å2 / Biso mean: 47.605 Å2 / Biso min: 30.39 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→29.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.947→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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