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Yorodumi- PDB-7c1p: Crystal structure of the starter condensation domain of the rhizo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c1p | ||||||
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Title | Crystal structure of the starter condensation domain of the rhizomide synthetase RzmA mutant H140V, R148A | ||||||
Components | Non-ribosomal peptide synthetase modules | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / nonribosomal peptide synthesis / RzmA / starter condensation (Cs) domains | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / : / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Paraburkholderia rhizoxinica HKI 454 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Zhong, L. / Diao, X. / Zhang, N. / Li, F.W. / Zhou, H.B. / Chen, H.N. / Ren, X. / Zhang, Y. / Wu, D. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Engineering and elucidation of the lipoinitiation process in nonribosomal peptide biosynthesis. Authors: Zhong, L. / Diao, X. / Zhang, N. / Li, F. / Zhou, H. / Chen, H. / Bai, X. / Ren, X. / Zhang, Y. / Wu, D. / Bian, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7c1p.cif.gz | 643.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7c1p.ent.gz | 533.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7c1p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7c1p_validation.pdf.gz | 458.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7c1p_full_validation.pdf.gz | 477.5 KB | Display | |
Data in XML | 7c1p_validation.xml.gz | 58.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7c1p_validation.cif.gz | 80.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c1p | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7c1hSC 7c1kC 7c1lC 7c1rC 7c1sC 7c1uC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48418.785 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H140V, R148A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia rhizoxinica HKI 454 (bacteria) Strain: HKI 454 / Gene: RBRH_01504 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: E5ATN9, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.41 % Description: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 / Details: Citric acid, BIS-TRIS propane, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2020 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Ni FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.48 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.589→50 Å / Num. obs: 55871 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7C1H Resolution: 2.6→48.956 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 60.7 / Phase error: 29.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.17 Å2 / Biso mean: 45.2667 Å2 / Biso min: 16.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→48.956 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 19.4385 Å / Origin y: -0.2813 Å / Origin z: -0.1648 Å
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Refinement TLS group |
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