[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7c1k: Crystal structure of the starter condensation domain of rhizomide... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c1k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the starter condensation domain of rhizomide synthetase RzmA mutant R148A | ||||||
![]() | Non-ribosomal peptide synthetase modules | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / nonribosomal peptide synthesis / RzmA / starter condensation (Cs) domains | ||||||
Function / homology | ![]() Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / : / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhong, L. / Diao, X. / Zhang, N. / Li, F.W. / Zhou, H.B. / Chen, H.N. / Ren, X. / Zhang, Y. / Wu, D. / Bian, X. | ||||||
![]() | ![]() Title: Engineering and elucidation of the lipoinitiation process in nonribosomal peptide biosynthesis. Authors: Zhong, L. / Diao, X. / Zhang, N. / Li, F. / Zhou, H. / Chen, H. / Bai, X. / Ren, X. / Zhang, Y. / Wu, D. / Bian, X. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 641.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 531.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 496.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7c1hSC ![]() 7c1lC ![]() 7c1pC ![]() 7c1rC ![]() 7c1sC ![]() 7c1uC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 48457.801 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: R148A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: rhizomide synthetase RzmA Source: (gene. exp.) ![]() Strain: HKI 454 / Gene: RBRH_01504 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: E5ATN9, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.96 % Description: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS. Mosaicity: 0.688 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.6 / Details: Citric acid, BIS-TRIS propane, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: SIEMENS-NICOLET / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2020 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Ni FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.755→50 Å / Num. obs: 45676 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7C1H Resolution: 2.755→39.121 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 109.17 / Phase error: 28.82
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.81 Å2 / Biso mean: 40.5279 Å2 / Biso min: 11.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.755→39.121 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.8267 Å / Origin y: 0.0348 Å / Origin z: 0.0879 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|