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- PDB-5a2n: Crystal structure of the nitrate transporter NRT1.1 from Arabidop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a2n
タイトルCrystal structure of the nitrate transporter NRT1.1 from Arabidopsis thaliana.
要素PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRANSPORTER (運搬体タンパク質) / NITRATE (硝酸塩) / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY / POT FAMILY / NRT1/PTR FAMILY / NPF FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


basipetal auxin transport / nitrate transmembrane transport / nitrate transmembrane transporter activity / photoperiodism, flowering / response to nitrate / lateral root development / oligopeptide transport / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / symporter activity ...basipetal auxin transport / nitrate transmembrane transport / nitrate transmembrane transporter activity / photoperiodism, flowering / response to nitrate / lateral root development / oligopeptide transport / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / symporter activity / response to herbicide / nitrate assimilation / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.3
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Parker, J.L. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Molecular Basis of Nitrate Uptake by the Plant Nitrate Transporter Nrt1.1.
著者: Parker, J.L. / Newstead, S.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年6月17日ID: 4CL4
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3
B: PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9672
ポリマ－129,9672
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-21.8 kcal/mol
Surface area46300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.800, 124.030, 153.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9954, -0.04337, -0.08534), (-0.03695, -0.6483, 0.7605), (-0.08831, 0.7601, 0.6437)
ベクター: 188.4, 1.895, 8.923)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN NRT1/ PTR FAMILY 6.3 / ATNPF6.3 / NITRATE TRANSPORTER 1.1 / ATNRT1 / NITRATE/CHLORATE TRANSPORTER / PROTEIN CHLORINA 1 / NRT1.1


分子量: 64983.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
解説: TAIR ABRC STOCKS / プラスミド: MODIFED PDDGFP2 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q05085

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 22 % PEG 400, 0.05 M SODIUM CITRATE PH 4.5, 0.07 M SODIUM CHLORIDE AND 1.5 % PEG 600 USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 4 CELSIUS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→29.57 Å / Num. obs: 21870 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 89.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.7→27.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.6491 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6767 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.676
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3101 1105 5.06 %RANDOM
Rwork0.2775 ---
obs0.2792 21857 86.26 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5632 Å20 Å20 Å2
2---1.8867 Å20 Å2
3----1.6765 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.063 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→27.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7308 0 0 0 7308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017634HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2610504HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2510SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1126HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7634HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion998SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9300SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.88 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 55 4.41 %
Rwork0.2595 1192 -
all0.2598 1247 -
obs--86.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03771.49150.72257.3263-3.27653.4988-0.0036-0.5416-0.48520.9198-0.4914-0.13250.7729-0.22780.495-0.9666-0.4360.6066-0.37790.0855-0.669687.984916.676469.8096
201.1933-0.31793.0027-1.56170.7057-0.0453-0.241-0.91710.1927-0.2432-0.34190.7202-0.65690.28850.3364-0.30.3801-0.55840.2046-0.092685.8239-5.689574.1864
30.20665.283-3.64058.7142-3.96654.2712-0.07310.02130.1732-0.5911-1.0239-1.0382-0.70380.88381.0969-0.803-0.3597-0.0929-0.3928-0.0984-0.676295.697638.73856.0828
40.26011.0226-2.32175.3653-1.88710.11530.02680.11770.63260.0934-0.0833-0.7183-0.35020.47130.05640.3235-0.4646-0.1395-0.59110.5414-0.641396.930458.824744.7897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|269 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|326 - A|573 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|21 - B|229 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|326 - B|573 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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