+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4oh3 | ||||||
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Title | Crystal structure of a nitrate transporter | ||||||
Components | Nitrate transporter 1.1 | ||||||
Keywords | membrane protein / tranport protein / Major Facilitator Superfamily / nitrate transporter / membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information basipetal auxin transport / nitrate transmembrane transport / nitrate transmembrane transporter activity / photoperiodism, flowering / response to nitrate / lateral root development / oligopeptide transport / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / symporter activity ...basipetal auxin transport / nitrate transmembrane transport / nitrate transmembrane transporter activity / photoperiodism, flowering / response to nitrate / lateral root development / oligopeptide transport / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / symporter activity / response to herbicide / nitrate assimilation / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.25 Å | ||||||
Authors | Sun, J. / Bankston, J.R. / Payandeh, J. / Hinds, T.R. / Zagotta, W.N. / Zheng, N. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Crystal structure of the plant dual-affinity nitrate transporter NRT1.1. Authors: Sun, J. / Bankston, J.R. / Payandeh, J. / Hinds, T.R. / Zagotta, W.N. / Zheng, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4oh3.cif.gz | 414.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4oh3.ent.gz | 357.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4oh3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4oh3_validation.pdf.gz | 977.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4oh3_full_validation.pdf.gz | 1012.8 KB | Display | |
Data in XML | 4oh3_validation.xml.gz | 40.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4oh3_validation.cif.gz | 54.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4oh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4oh3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 65807.578 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: NRT1.1, CHL1, NRT1, At1g12110, F12F1.1, T28K15_13 / Plasmid: pFastBac / Cell line (production host): High Five / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q05085 #2: Sugar | #3: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.99 Å3/Da / Density % sol: 69.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1M sodium acetate 30% PEG300 3% MPD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.25→50 Å / Num. all: 34881 / Num. obs: 34573 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 1.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.26 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 93.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.25→45.909 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.25→45.909 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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