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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yzc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pIRE1alpha in complex with staurosporine | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 | ||||||
キーワード | Transferase/transferase inhibitor / IRE1 (ERN1) / inhibitor (酵素阻害剤) / staurosporine (スタウロスポリン) / complex / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / peptidyl-serine autophosphorylation / IRE1-RACK1-PP2A complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ ...peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / peptidyl-serine autophosphorylation / IRE1-RACK1-PP2A complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / endothelial cell proliferation / nuclear inner membrane / IRE1-mediated unfolded protein response / mRNA catabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of macroautophagy / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cellular response to unfolded protein / positive regulation of JUN kinase activity / RNA endonuclease activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Hsp70 protein binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA splicing / ADP binding / cellular response to glucose stimulus / Hsp90 protein binding / cellular response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / enzyme binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.494 Å | ||||||
データ登録者 | Concha, N.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2015 タイトル: Long-Range Inhibitor-Induced Conformational Regulation of Human IRE1 alpha Endoribonuclease Activity. 著者: Concha, N.O. / Smallwood, A. / Bonnette, W. / Totoritis, R. / Zhang, G. / Federowicz, K. / Yang, J. / Qi, H. / Chen, S. / Campobasso, N. / Choudhry, A.E. / Shuster, L.E. / Evans, K.A. / ...著者: Concha, N.O. / Smallwood, A. / Bonnette, W. / Totoritis, R. / Zhang, G. / Federowicz, K. / Yang, J. / Qi, H. / Chen, S. / Campobasso, N. / Choudhry, A.E. / Shuster, L.E. / Evans, K.A. / Ralph, J. / Sweitzer, S. / Heerding, D.A. / Buser, C.A. / Su, D.S. / DeYoung, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yzc.cif.gz | 292.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yzc.ent.gz | 239.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46850.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 562-963 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERN1, IRE1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75460, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The complex of pIRE1a (547-977) with staurosporine was prepared by mixing the protein with 0.5 mM staurosporine and incubated overnight on ice. The crystals were grown at 20C by vapor ...詳細: The complex of pIRE1a (547-977) with staurosporine was prepared by mixing the protein with 0.5 mM staurosporine and incubated overnight on ice. The crystals were grown at 20C by vapor diffusion in sitting drop containing 2 ul of protein (13 mg/ml in 50 mM Hepes, pH 7.5, 200 mM NaCl, 5 mM DTT, 1 mM EDTA) and 2ul reservoir solution containing PEG 300 (30%-40%), 100 mM Hepes pH 7.5, 200 mM KCl. Small hexagonal plates appeared over 5-10 days and reached full size (0.05 X 0.75 X 0.15 mm) in ~20 days. The crystals were flash-frozen in liquid N2 directly from the crystallization drop. All diffraction data was collected at the Advanced Photon Source, Argonne National Laboratories, Life Sciences CAT, Sector 21 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: single crystal |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4939→40.23 Å / Num. obs: 41927 / % possible obs: 98.23 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09722 / Χ2: 1.07 / Net I/av σ(I): 22.713 / Net I/σ(I): 13.36 / Num. measured all: 226940 |
反射 シェル | 解像度: 2.4939→2.583 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1343 / Num. unique all: 4710 / Χ2: 1.089 / Rejects: 0 / % possible all: 88.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3P23 解像度: 2.494→40.225 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.494→40.225 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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