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- PDB-4yy9: The structure of hemagglutinin from a H6N1 influenza virus (A/Tai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yy9
タイトルThe structure of hemagglutinin from a H6N1 influenza virus (A/Taiwan/2/2013)
要素
  • HA1
  • HA2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Hemagglutinin (ヘマグルチニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin HA2 chain / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Wang, F. / Qi, J. / Bi, Y. / Zhang, W. / Wang, M. / Wang, M. / Liu, J. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
China Ministry of Science and Technology National 973 Project2011CB504703 中国
Intramural Special Grant for Influenza Virus Research from the Chinese Academy of SciencesKJZD-EW-L09 中国
Intramural Special Grant for Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
National Natural Science Foundation of China31402196 中国
China National Grand S&T Special Project2014ZX10004002 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of hemagglutinin from a H6N1 influenza virus (A/Taiwan/2/2013) at 2.6 Angstroms resolution
著者: Wang, F. / Qi, J. / Bi, Y. / Zhang, W. / Wang, M. / Wang, M. / Liu, J. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HA1
B: HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1145
ポリマ－55,0852
非ポリマー1,0293
水3,387188
1
A: HA1
B: HA2
ヘテロ分子

A: HA1
B: HA2
ヘテロ分子

A: HA1
B: HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,34115
ポリマ－165,2546
非ポリマー3,0879
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area31850 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area59940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.898, 113.898, 163.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

HOH

21B-658-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HA1


分子量: 36548.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: A0A0J9X268*PLUS
#2: タンパク質 HA2


分子量: 18536.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: A0A0J9X267*PLUS
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.91 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH4.0, 15%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.07138 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36901 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.8.3_1479精密化
SCALAデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.601→47.226 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 1844 5 %
Rwork0.1914 --
obs0.1931 36901 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→47.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3938 0 0 188 4126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0475477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0011466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6011-2.67140.26241380.21872662X-RAY DIFFRACTION99
2.6714-2.750.23321240.20122710X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.83880.24581360.20552701X-RAY DIFFRACTION100
2.8388-2.94020.26541290.20442702X-RAY DIFFRACTION100
2.9402-3.05790.23541300.19442694X-RAY DIFFRACTION100
3.0579-3.19710.20531520.18842678X-RAY DIFFRACTION100
3.1971-3.36560.21821300.19452719X-RAY DIFFRACTION100
3.3656-3.57640.26351410.19522709X-RAY DIFFRACTION100
3.5764-3.85240.24391320.18312698X-RAY DIFFRACTION100
3.8524-4.23990.21061580.16592695X-RAY DIFFRACTION100
4.2399-4.85280.18061660.16042673X-RAY DIFFRACTION100
4.8528-6.1120.19471420.19212706X-RAY DIFFRACTION100
6.112-47.23380.25531660.22662710X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.7218 Å / Origin y: 39.6464 Å / Origin z: -8.5359 Å
111213212223313233
T0.1628 Å2-0.0275 Å2-0.0219 Å2-0.245 Å20.0125 Å2--0.2604 Å2
L0.2149 °2-0.0193 °2-0.0681 °2-0.224 °20.0394 °2--0.9112 °2
S-0.0208 Å °-0.0404 Å °0.009 Å °0.0559 Å °0.0012 Å °-0.0653 Å °-0.0244 Å °0.2047 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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