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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xhf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Shewanella oneidensis NqrC | ||||||
要素 | Na-translocating NADH-quinone reductase subunit C NqrC | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FMN / COVALENT FLAVINYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane ATP synthesis coupled electron transport / NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型) / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / FMN binding / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2016 タイトル: Molecular insights into the enzymatic diversity of flavin-trafficking protein (Ftp; formerly ApbE) in flavoprotein biogenesis in the bacterial periplasm. 著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xhf.cif.gz | 517.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xhf.ent.gz | 452.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xhf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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4 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29046.902 Da / 分子数: 4 / 断片: Soluble fragment, UNP residues 33-264 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: nqrC, SO_0904 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8EID8, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月7日 / 詳細: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.38 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 89381 / Num. obs: 89381 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.855 / Net I/av σ(I): 15.927 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 370660 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→33.713 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.7 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.5 Å2 / Biso mean: 23.853 Å2 / Biso min: 6.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→33.713 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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