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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xa1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 1 of MYH7 | ||||||
要素 | Gp7-MYH7(1173-1238)-EB1 chimera protein | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Myosin (ミオシン) / coiled coil (コイルドコイル) / skip residue / fusion / Gp7 / EB1 / MYH7 / Cardiac (心臓) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral scaffold / protein localization to astral microtubule / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / cortical microtubule cytoskeleton / regulation of the force of skeletal muscle contraction / mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / muscle myosin complex / microtubule plus-end / muscle filament sliding ...viral scaffold / protein localization to astral microtubule / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / cortical microtubule cytoskeleton / regulation of the force of skeletal muscle contraction / mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / muscle myosin complex / microtubule plus-end / muscle filament sliding / cell projection membrane / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / myosin II complex / non-motile cilium assembly / adult heart development / microtubule bundle formation / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / protein localization to centrosome / myosin complex / sarcomere organization / 微小管形成中心 / virion assembly / negative regulation of microtubule polymerization / microfilament motor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myofibril / mitotic spindle pole / 微小管 / establishment of mitotic spindle orientation / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / spindle assembly / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle midzone / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / stress fiber / ATP metabolic process / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of microtubule polymerization / cardiac muscle contraction / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of heart rate / sarcomere / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / muscle contraction / RHO GTPases Activate Formins / protein localization / Z disc / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / actin filament binding / 遊走 / 微小管 / molecular adaptor activity / calmodulin binding / cadherin binding / 細胞分裂 / focal adhesion / 中心体 / protein kinase binding / ゴルジ体 / DNA binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus phage phi29 (ファージ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, K.C. / Buvoli, M. / Korkmaz, E.N. / Buvoli, A. / Zheng, Y. / Heinz, N.T. / Qiang, C. / Leinwand, L.A. / Rayment, I. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Skip residues modulate the structural properties of the myosin rod and guide thick filament assembly. 著者: Taylor, K.C. / Buvoli, M. / Korkmaz, E.N. / Buvoli, A. / Zheng, Y. / Heinze, N.T. / Cui, Q. / Leinwand, L.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xa1.cif.gz | 125.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xa1.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xa1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xa1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18446.553 Da / 分子数: 4 断片: UNP P13848 residues 1-49,UNP Q12883 residues 1173-1238,UNP Q15691 residues 211-251 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) プラスミド: pET28 / 遺伝子: MYH7, MYHCB, MAPRE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13848, UniProt: P12883, UniProt: Q15691 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol methyl ether 2000, 20 mM SrCl2, 100 mM HEPES pH 7.6, 5% pentaerythritol ethoxylate (17/8 PO/OH) 797, 0.5% 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate (CHAPS) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 13198 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 64.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/av σ(I): 15.5 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N04, 1YIB 解像度: 3.2→34.861 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 35.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.861 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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