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- PDB-6ign: The crystal structure of Kif5b stalk 1 coiled-coil region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ign
タイトルThe crystal structure of Kif5b stalk 1 coiled-coil region
要素Kinesin-1 heavy chain
キーワードMOTOR PROTEIN / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate KTN1 / regulation of modification of synapse structure, modulating synaptic transmission / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / cytoplasm organization / cytolytic granule membrane / Kinesins / mitocytosis / anterograde axonal protein transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / ciliary rootlet ...RHO GTPases activate KTN1 / regulation of modification of synapse structure, modulating synaptic transmission / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / cytoplasm organization / cytolytic granule membrane / Kinesins / mitocytosis / anterograde axonal protein transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / ciliary rootlet / lysosome localization / positive regulation of potassium ion transport / MHC class II antigen presentation / vesicle transport along microtubule / kinesin complex / microtubule motor activity / centrosome localization / mitochondrion transport along microtubule / stress granule disassembly / natural killer cell mediated cytotoxicity / mitochondrial transport / endocytic vesicle / postsynaptic cytosol / microtubule-based process / phagocytic vesicle / axon cytoplasm / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of membrane potential / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to type II interferon / centriolar satellite / nuclear membrane / microtubule binding / vesicle / microtubule / neuron projection / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.451 Å
データ登録者Zhang, S.J. / Sun, W.P. / Kong, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Kif5b stalk 1 coiled-coil region
著者: Zhang, S.J. / Sun, W.P. / Kong, B.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1261
ポリマ－14,1261
非ポリマー00
水00
1
A: Kinesin-1 heavy chain

A: Kinesin-1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2522
ポリマ－28,2522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.559, 50.559, 162.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-1 heavy chain / C


分子量: 14125.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif5b, Khcs, Kns1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61768

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.05 M magnesium chloride,5% PEG 8000, 40% MPD, 0.1M sodium cacodylate pH6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 3101 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 46.389
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / CC1/2: 0.985

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3228: ???)精密化
HKL-2000vデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.451→36.971 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3175 436 10.07 %
Rwork0.2744 --
obs0.2787 2743 81.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.451→36.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 0 0 0 983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4251317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.425643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4515-3.95040.3965890.3091841X-RAY DIFFRACTION52
3.9504-4.97520.28691650.24561487X-RAY DIFFRACTION94
4.9752-36.97330.31081820.29091566X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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