PDB-3tiq: Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG G51-E-G52 module

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tiq

タイトル

Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG G51-E-G52 module

要素

Surface protein G

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / single-layer beta sheet / biofilm formation / surface

機能・相同性

機能・相同性情報

single-species submerged biofilm formation / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8739 Å

データ登録者

Gruszka, D.T. / Wojdyla, J.A. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Staphylococcal biofilm-forming protein has a contiguous rod-like structure.
著者: Gruszka, D.T. / Wojdyla, J.A. / Bingham, R.J. / Turkenburg, J.P. / Manfield, I.W. / Steward, A. / Leech, A.P. / Geoghegan, J.A. / Foster, T.J. / Clarke, J. / Potts, J.R.

履歴

登録	2011年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tiq.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tiq.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tiq_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tiq_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	3tiq_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	3tiq_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tiq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tipSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	235 4wve-1 2e7s-2 4fun-d 2e7s-3 2e7s-8 2e7s-1 2e7s-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Surface protein G

B: Surface protein G

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Surface protein G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Surface protein G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.486, 84.771, 71.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Surface protein G 分子量: 23709.736 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 419-629 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02798, sasG / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q2G2B2
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 416-418 IN THIS ENTRY ARE CLONING ARTIFACTS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 44063 / Num. obs: 43216 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 33.117 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.87-1.99	0.367	3.02	23712	6474	1	90.7
1.99-2.12	0.219	5.22	24774	6595	1	99.9
2.12-2.29	0.153	7.52	23431	6224	1	99.6
2.29-2.51	0.106	10.37	21351	5675	1	99.8
2.51-2.81	0.071	15.39	19315	5137	1	99.7
2.81-3.24	0.044	24.27	16983	4570	1	99.3
3.24-3.96	0.035	32.34	14116	3845	1	99.4
3.96-5.58	0.032	35.99	10877	3007	1	99.3
5.58-50	0.028	36.62	6204	1689	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
GDA	client	データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TIP

3tip

解像度: 1.8739→41.297 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2662	2172	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2052	-	-	-
obs	0.2083	43210	98.16 %	-
all	-	44063	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.452 Å² / k_sol: 0.397 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.74 Å² / B_iso mean: 42.6828 Å² / B_iso min: 16.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.5243 Å²	-0 Å²	10.7745 Å²
2-	-	-0.1464 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.3779 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8739→41.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3302	0	13	636	3951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.434	4588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.884	1391

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8739-1.9146	0.3259	101	0.2939	1990	2091	76
1.9146-1.9591	0.3411	129	0.2592	2591	2720	99
1.9591-2.0081	0.3083	144	0.2431	2567	2711	100
2.0081-2.0624	0.2779	136	0.2274	2609	2745	100
2.0624-2.1231	0.2924	121	0.2258	2579	2700	100
2.1231-2.1916	0.3095	146	0.2201	2618	2764	100
2.1916-2.27	0.2653	114	0.2215	2625	2739	100
2.27-2.3608	0.3167	145	0.2254	2583	2728	100
2.3608-2.4683	0.2921	140	0.2328	2584	2724	100
2.4683-2.5984	0.2827	133	0.2281	2612	2745	100
2.5984-2.7612	0.2866	150	0.2433	2593	2743	100
2.7612-2.9743	0.2732	149	0.2175	2592	2741	100
2.9743-3.2735	0.2876	156	0.2044	2598	2754	100
3.2735-3.7469	0.256	141	0.2026	2611	2752	100
3.7469-4.7196	0.2433	139	0.1659	2627	2766	100
4.7196-41.3069	0.2038	128	0.1723	2659	2787	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1349	-0.1662	-2.5025	0.6348	1.3311	8.174	0.3639	0.2777	0.2956	-0.3838	0.1632	-0.2548	-0.4699	-0.0289	-0.4207	0.4184	0.0708	0.0933	0.3669	0.0237	0.3475	29.7533	-39.0483	-55.7048
2	1.1496	0.0699	-2.0619	-0.2929	0.1634	5.9822	0.0434	0.1192	-0.0901	-0.1456	0.0239	-0.1201	0.0102	-0.193	-0.0216	0.4722	0.0515	0.1104	0.2759	0.0213	0.3358	32.2168	-39.8667	-63.5263
3	0.4483	-0.3681	-0.3227	1.4087	1.7347	4.6272	0.0134	-0.0509	0.0455	-0.0015	0.1366	-0.1217	-0.1489	0.0418	-0.1078	0.2354	0.0299	0.0192	0.2165	-0.0126	0.3127	16.2007	-26.6262	-8.3534
4	0.3174	0.3371	-1.9464	-0.076	-0.8299	8.1499	0.4231	-0.2492	0.3008	0.2053	0.1943	0.1293	-0.7359	0.3289	-0.5958	0.565	-0.0556	0.0813	0.3605	-0.0672	0.3201	11.0651	-14.149	56.2116
5	0.5917	-0.0596	-1.8568	0.1889	0.8249	7.4423	0.0914	-0.1196	0.0041	0.0301	-0.1159	0.0875	-0.7266	0.2978	-0.0266	0.5649	0.003	0.1307	0.2333	0.024	0.3985	12.739	-16.4368	40.7421
6	0.0668	0.4826	0.0113	0.9446	-0.604	0.0815	0.4301	0.1205	0.3896	0.3929	-0.0551	0.0461	-0.961	0.0261	-0.4227	0.465	0.0622	0.1258	0.515	0.0957	0.3502	-28.9054	-41.7153	87.8004
7	1.8885	0.361	-4.4865	-0.2766	-1.4177	7.2141	-0.1466	-0.2402	-0.0384	-0.2134	-0.2129	-0.1335	0.1709	0.8003	0.2822	0.3922	-0.0452	0.1205	0.5173	0.0604	0.4073	-29.6121	-44.0147	90.8188
8	2.5407	-0.3405	-0.5692	2.3185	-1.2875	3.3405	0.0916	0.1029	-0.1348	-0.2872	-0.0231	0.0732	-0.0185	-0.6966	-0.1496	0.242	0.0552	0.0009	0.3433	0.0284	0.2431	-8.4689	-25.4018	39.0404
9	2.252	-0.5139	-0.5329	2.7813	-0.7541	3.4797	0.4317	-0.5826	0.1402	0.6616	-0.301	-0.1475	-0.4181	0.5708	0.0247	0.4274	-0.1223	-0.0261	0.4816	0.0217	0.2408	-0.3865	-10.6626	-21.3373
10	0.5032	0.2933	1.0578	0.2332	-0.1611	2.7338	-0.0568	0.5011	-0.0281	-0.6445	0.7442	0.0616	0.2101	1.4676	-0.1843	0.706	0.1204	0.0555	0.7512	0.1224	0.3113	-1.4605	-17.065	10.2831
11	3.4652	0.1245	-3.3037	2.3911	0.5204	8.1526	0.2913	0.0003	0.0347	-0.0175	-0.2871	-0.2527	-0.1331	-0.1851	0.0305	0.2659	0.0134	-0.0098	0.2393	0.0343	0.2405	1.5654	-11.4843	-31.0928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:35)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 36:83)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 84:140)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 141:163)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 164:215)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 2:35)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 36:83)	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 84:140)	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 141:179)	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 180:202)	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 203:215)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)