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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w9k | ||||||||||||
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タイトル | pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-((S)-2-acetamido-3-phenylpropanamido)-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 14) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / protein complex (タンパク質複合体) / ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / hypoxia inducible factor (低酸素誘導因子) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cell morphogenesis / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / 遺伝子発現の調節 / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / 小胞体 / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gadd, M.S. / Galdeano, C. / van Molle, I. / Ciulli, A. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible ...タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible Factor (HIF) Alpha Subunit with in Vitro Nanomolar Affinities. 著者: Galdeano, C. / Gadd, M.S. / Soares, P. / Scaffidi, S. / Van Molle, I. / Birced, I. / Hewitt, S. / Dias, D.M. / Ciulli, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4w9k.cif.gz | 548.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4w9k.ent.gz | 452.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4w9k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/4w9k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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詳細 | The biological unit is a trimer. There are four biological units in the asymmetric unit (chains A, B & C, chains D, E & F, chains G, H & I and chains J, K &L). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370 #2: タンパク質 | 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369 #3: タンパク質 | 分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337 #4: 化合物 | ChemComp-3JO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 3350, MgOAc, Sodium cacodylate, DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.988→93.696 Å / Num. all: 91790 / Num. obs: 91790 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.2 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 8.239 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 659300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VCB 解像度: 2.1→93.696 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2532 / WRfactor Rwork: 0.21 / FOM work R set: 0.7957 / SU B: 13.048 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.2355 / SU Rfree: 0.1999 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.17 Å2 / Biso mean: 50.787 Å2 / Biso min: 21.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→93.696 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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