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万見
- PDB-4v5z: Structure of a mammalian 80S ribosome obtained by docking homolog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5z
タイトルStructure of a mammalian 80S ribosome obtained by docking homology models of the RNA and proteins into an 8.7 A cryo-EM map
要素
  • (40S Ribosomal protein ...) x 16
  • (60S Ribosomal protein ...) x 33
  • (RNA Expansion segment ...) x 28
  • (RNA helix) x 2
  • 18S Ribosomal RNA
  • 28S Ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S Ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • E site t-RNA
  • RNA helices
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA (リボソーム) / protein-RNA complex / 40S ribosomal subunit (リボソーム) / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX (リボソーム)
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Canis familiaris (イヌ)
canis familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Chandramouli, P. / Akey, C.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the mammalian 80S ribosome at 8.7 A resolution.
著者: Preethi Chandramouli / Maya Topf / Jean-François Ménétret / Narayanan Eswar / Jamie J Cannone / Robin R Gutell / Andrej Sali / Christopher W Akey /
要旨: In this paper, we present a structure of the mammalian ribosome determined at approximately 8.7 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle methods. A model of the ribosome was ...In this paper, we present a structure of the mammalian ribosome determined at approximately 8.7 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle methods. A model of the ribosome was created by docking homology models of subunit rRNAs and conserved proteins into the density map. We then modeled expansion segments in the subunit rRNAs and found unclaimed density for approximately 20 proteins. In general, many conserved proteins and novel proteins interact with expansion segments to form an integrated framework that may stabilize the mature ribosome. Our structure provides a snapshot of the mammalian ribosome at the beginning of translation and lends support to current models in which large movements of the small subunit and L1 stalk occur during tRNA translocation. Finally, details are presented for intersubunit bridges that are specific to the eukaryotic ribosome. We suggest that these bridges may help reset the conformation of the ribosome to prepare for the next cycle of chain elongation.
履歴
登録2008年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2ZKQ, 2ZKR
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月25日Group: Other
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_image_scans / em_software / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_software.name / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1480
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 18S Ribosomal RNA
AB: RNA Expansion segment ES3
AC: RNA Expansion segment ES4
AD: RNA Expansion segment ES6 part I
AE: RNA Expansion segment ES6 part II
AF: RNA Expansion segment ES9
AG: RNA helix
AH: RNA helix
Aa: 40S Ribosomal protein RACK1
Ab: 40S Ribosomal protein SA
Ac: 40S Ribosomal protein S3e
Ad: 40S Ribosomal protein S9e
Ae: 40S Ribosomal protein S2e
Ag: 40S Ribosomal protein S5e
Ah: 40S Ribosomal protein S15ae
Ai: 40S Ribosomal protein S16e
Aj: 40S Ribosomal protein S20e
Ak: 40S Ribosomal protein S14e
Al: 40S Ribosomal protein S23e
Am: 40S Ribosomal protein S18e
An: 40S Ribosomal protein S29e
Ao: 40S Ribosomal protein S13e
Aq: 40S Ribosomal protein S11e
As: 40S Ribosomal protein S15e
B1: 5.8S Ribosomal RNA
B0: 28S Ribosomal RNA
BA: RNA Expansion segment ES3
BB: RNA Expansion segment ES4
BC: RNA Expansion segment ES5
BD: RNA Expansion segment ES7 part I
BE: RNA Expansion segment ES7 part II
BF: RNA Expansion segment ES7 part III
BG: RNA Expansion segment ES9
BH: RNA Expansion segment ES12
BI: RNA Expansion segment ES15 part I
BJ: RNA Expansion segment ES15 part II
BK: RNA Expansion segment ES19
BL: RNA Expansion segment ES20
BM: RNA Expansion segment ES24
BN: RNA Expansion segment ES27
BO: RNA Expansion segment ES30
BP: RNA Expansion segment ES31 part I
BQ: RNA Expansion segment ES31 part II
BR: RNA Expansion segment ES39 part I
BS: RNA Expansion segment ES39 part II
BT: RNA Expansion segment ES39 part III
BU: RNA Expansion segment ES41
BV: RNA Expansion segment ES9 part2
BW: RNA Expansion segment ES10
BX: RNA helices
BY: 5S Ribosomal RNA
BZ: E site t-RNA
Ba: 60S Ribosomal protein L8
Bb: 60S Ribosomal protein L3
Bc: 60S Ribosomal protein L4
Bd: 60S Ribosomal protein L11
Be: 60S Ribosomal protein L9
Bf: 60S Ribosomal protein L7a
Bg: 60S acidic ribosomal protein P0
Bh: 60S Ribosomal protein L10
Bi: 60S Ribosomal protein L12
Bj: 60S ribosomal protein L13a
Bk: 60S Ribosomal protein L23
Bl: 60S Ribosomal protein L27a
Bm: 60S Ribosomal protein L15e
Bn: 60S Ribosomal protein L5
Bo: 60S Ribosomal protein L18
Bp: 60S Ribosomal protein L19
B7: 60S Ribosomal protein L19
Bq: 60S Ribosomal protein L21
Br: 60S Ribosomal protein L17
Bs: 60S Ribosomal protein L23a
Bt: 60S Ribosomal protein L26
Bu: 60S Ribosomal protein L24
Bv: 60S Ribosomal protein L35
B8: 60S Ribosomal protein L35
Bw: 60S Ribosomal protein L7
Bx: 60S Ribosomal protein L31
By: 60S Ribosomal protein L32
B9: 60S Ribosomal protein L32
Bz: 60S Ribosomal protein L37a
B2: 60S Ribosomal protein L37e
B3: 60S Ribosomal protein L39e
B4: 60S Ribosomal protein L44e
B5: 60S Ribosomal protein L10a
B6: 60S Ribosomal protein L30e


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,902,27586
ポリマ－2,902,27586
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 AAAGAHB1B0BXBYBZ

#1: RNA鎖 18S Ribosomal RNA / / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 504281.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Ribosome-channel complexes isolated from ER membranes were used to create a 3D map which was used to model the 40S subunit in the 80S ribosome.
由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#7: RNA鎖 RNA helix / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 4539.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#8: RNA鎖 RNA helix / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 13335.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#25: RNA鎖 5.8S Ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 39561.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) canis familiaris (イヌ)
#26: RNA鎖 28S Ribosomal RNA / 28SリボソームRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 940211.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Ribosome-channel complexes isolated from ER membranes were used to create a 3D map which was used to model the 60S subunit in the 80S ribosome.
由来: (天然) canis familiaris (イヌ)
#50: RNA鎖 RNA helices / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 36425.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#51: RNA鎖 5S Ribosomal RNA / 5SリボソームRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 37084.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#52: RNA鎖 E site t-RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 23175.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)

+
RNA Expansion segment ... , 28種, 28分子 ABACADAEAFBABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBW

#2: RNA鎖 RNA Expansion segment ES3 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 11182.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#3: RNA鎖 RNA Expansion segment ES4 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 10202.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#4: RNA鎖 RNA Expansion segment ES6 part I / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 13476.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#5: RNA鎖 RNA Expansion segment ES6 part II / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 10256.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#6: RNA鎖 RNA Expansion segment ES9 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 9915.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#27: RNA鎖 RNA Expansion segment ES3 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 6687.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Expansion segment in 5.8S / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#28: RNA鎖 RNA Expansion segment ES4 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 8617.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Expansion segment at the 3' end of 5.8S and 5' end of 28S
由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#29: RNA鎖 RNA Expansion segment ES5 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 5503.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#30: RNA鎖 RNA Expansion segment ES7 part I / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 5143.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#31: RNA鎖 RNA Expansion segment ES7 part II / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 17440.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#32: RNA鎖 RNA Expansion segment ES7 part III / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 38843.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#33: RNA鎖 RNA Expansion segment ES9 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 15519.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#34: RNA鎖 RNA Expansion segment ES12 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 8091.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#35: RNA鎖 RNA Expansion segment ES15 part I / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 23293.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#36: RNA鎖 RNA Expansion segment ES15 part II / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 9635.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#37: RNA鎖 RNA Expansion segment ES19 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 8302.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#38: RNA鎖 RNA Expansion segment ES20 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 6468.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#39: RNA鎖 RNA Expansion segment ES24 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 6067.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#40: RNA鎖 RNA Expansion segment ES27 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 25060.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#41: RNA鎖 RNA Expansion segment ES30 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 6413.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#42: RNA鎖 RNA Expansion segment ES31 part I / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 4861.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#43: RNA鎖 RNA Expansion segment ES31 part II / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 9671.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#44: RNA鎖 RNA Expansion segment ES39 part I / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 9620.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#45: RNA鎖 RNA Expansion segment ES39 part II / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 12222.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#46: RNA鎖 RNA Expansion segment ES39 part III / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 9635.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#47: RNA鎖 RNA Expansion segment ES41 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 5025.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#48: RNA鎖 RNA Expansion segment ES9 part2 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 7064.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#49: RNA鎖 RNA Expansion segment ES10 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 5128.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)

-
40S Ribosomal protein ... , 16種, 16分子 AaAbAcAdAeAgAhAiAjAkAlAmAnAoAqAs

#9: タンパク質 40S Ribosomal protein RACK1 /


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#10: タンパク質 40S Ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA


分子量: 32913.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#11: タンパク質 40S Ribosomal protein S3e / リボソーム


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#12: タンパク質 40S Ribosomal protein S9e / リボソーム


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#13: タンパク質 40S Ribosomal protein S2e / リボソーム


分子量: 19397.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#14: タンパク質 40S Ribosomal protein S5e / リボソーム


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#15: タンパク質 40S Ribosomal protein S15ae / リボソーム


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#16: タンパク質 40S Ribosomal protein S16e / リボソーム


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#17: タンパク質 40S Ribosomal protein S20e / リボソーム


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#18: タンパク質 40S Ribosomal protein S14e / リボソーム


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#19: タンパク質 40S Ribosomal protein S23e / リボソーム


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#20: タンパク質 40S Ribosomal protein S18e / リボソーム


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#21: タンパク質 40S Ribosomal protein S29e / リボソーム


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#22: タンパク質 40S Ribosomal protein S13e / リボソーム


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#23: タンパク質 40S Ribosomal protein S11e / リボソーム


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#24: タンパク質 40S Ribosomal protein S15e / リボソーム


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)

+
60S Ribosomal protein ... , 33種, 33分子 BaBbBcBdBeBfBhBiBjBkBlBmBnBoBpB7BqBrBsBtBuBvB8BwBxByB9BzB2B3...

#53: タンパク質 60S Ribosomal protein L8 /


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#54: タンパク質 60S Ribosomal protein L3 /


分子量: 46125.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#55: タンパク質 60S Ribosomal protein L4 /


分子量: 47627.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#56: タンパク質 60S Ribosomal protein L11 /


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#57: タンパク質 60S Ribosomal protein L9 /


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#58: タンパク質 60S Ribosomal protein L7a /


分子量: 30042.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#60: タンパク質 60S Ribosomal protein L10 /


分子量: 24628.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#61: タンパク質 60S Ribosomal protein L12 /


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L13a /


分子量: 23595.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#63: タンパク質 60S Ribosomal protein L23 /


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#64: タンパク質 60S Ribosomal protein L27a /


分子量: 16634.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#65: タンパク質 60S Ribosomal protein L15e / リボソーム


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#66: タンパク質 60S Ribosomal protein L5 /


分子量: 34512.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#67: タンパク質 60S Ribosomal protein L18 /


分子量: 21698.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#68: タンパク質 60S Ribosomal protein L19 /


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#69: タンパク質・ペプチド 60S Ribosomal protein L19 /


分子量: 1865.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: C-terminal extension / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#70: タンパク質 60S Ribosomal protein L21 /


分子量: 18607.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#71: タンパク質 60S Ribosomal protein L17 /


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#72: タンパク質 60S Ribosomal protein L23a /


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#73: タンパク質 60S Ribosomal protein L26 /


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#74: タンパク質 60S Ribosomal protein L24 /


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#75: タンパク質 60S Ribosomal protein L35 /


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#76: タンパク質・ペプチド 60S Ribosomal protein L35 /


分子量: 1115.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: C-terminal extension / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#77: タンパク質 60S Ribosomal protein L7 /


分子量: 31492.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#78: タンパク質 60S Ribosomal protein L31 /


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#79: タンパク質 60S Ribosomal protein L32 /


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#80: タンパク質 60S Ribosomal protein L32 /


分子量: 6588.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: C-terminal extension / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#81: タンパク質 60S Ribosomal protein L37a /


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#82: タンパク質 60S Ribosomal protein L37e / リボソーム


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#83: タンパク質 60S Ribosomal protein L39e / リボソーム


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#84: タンパク質 60S Ribosomal protein L44e / リボソーム


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#85: タンパク質 60S Ribosomal protein L10a /


分子量: 23376.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)
#86: タンパク質 60S Ribosomal protein L30e / リボソーム


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)

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タンパク質 , 1種, 1分子 Bg

#59: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 /


分子量: 34309.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ)

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詳細

配列の詳細OPPOSING STRANDS OF RNA IN SOME EXPANSION SEGMENTS HAVE BEEN NUMBERED CONSECUTIVELY AND COULD ...OPPOSING STRANDS OF RNA IN SOME EXPANSION SEGMENTS HAVE BEEN NUMBERED CONSECUTIVELY AND COULD THEREFORE LEAD TO FORMATION OF LONG BONDS BETWEEN A 5' AND 3' STRAND IN VISUALIZATION SOFTWARE. SINCE THE COMPLETE GENOME SEQUENCE OF CANIS FAMILIARIS WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME WHEN THE DEPOSITORS DID THIS MODELING. THEREFORE, THEY USED HUMAN RNA SEQUENCE(MAINLY FROM K03432 IN GB) BELOWS ARE REFERENCE USED FOR EACH RNA CHAIN; CHAINS A,B, AND C ARE NOT MODIFIED AND ARE FROM K03432, RESIDUES 141-358,454-882,1063-1548,AND 1580-2010 FOR CHAN A RESIDUES 359-376,426-442 FOR CHAIN B AND RESIDUES 667-698 FOR CHAIN C. FOR CHAIN A MODELED USING A HOMOLOGOUS T.THERMOPHILUS MOLECULE PDB ENTRY 1J5E. THIS CHIAN IS THE 18S SEQUENCE OF THE HUMAN GB K03432 BUT WITHOUT CERTAIN RNA SEGMENTS WHICH THE DEPOSITORS CALL EXPANSION SEGMENTS. THESE EXPANSION SEGMENTS ARE THE NEW INSERTS THAT THE DEPOSITOR SEE IN MAMMALIAN AS OPPOSED TO A BACTERIAL RIBOSOME. ALSO IT CONTAINS ES7 AND ES12 EXPANSION SEGMENTS. FOR CHAINS D, E AND F MODELED SECONDARY SEQUENCE DIFFERENT FROM THE ACTUAL SEQUENCE FOR CHAIN G RNA HELIX FROM T.THERMOPHILUS PDB ENTRY 1J5E, M26924 IN GB. PART OF THE VARIABLE REGION OF ES4. FOR CHAIN H RNA HELIX FROM T.THERMOPHILUS PDB ENTRY 1J5E, M26924 IN GB. MODIFIED SLIGHTLY TO FIT INTO THE BEAK REGION OF THE HEAD. MOREOVER, THE COMPLETED PROTEIN SEQUENCES OF CANIS FAMILIARIS WERE NOT AVAILABLE AT THE TIME WHEN THE DEPOSITORS DID THIS MODELING. THEY USED HOMOLOGY MODELING PROGRAM TO DETERMINE MAMMALIAN MODELS OF THE PROTEINS AND FIT THEM INTO THEIR EM MAP. THE PROTEINS ARE FROM DIFFERENT SPECIES BASED ON WHICH PROTEIN WAS DETERMINED BY MODELER AND MOD-EM PROGRAMS TO BEST FIT THE EM MODEL. THE REFERENCE USED FOR THE PROTEIN CHAINS ARE LISTED AS BELOW; CHAIN ID DATABASE REFERENCE A(LOWER) GBLP_HUMAN P63244 B(LOWER) RSSA_BOVIN P26452 C(LOWER) RS3_HUMAN P23396 D(LOWER) RS4_THET8 P80373 E(LOWER) O89072_MOUSE O89072 G(LOWER) RS5_HUMAN P46782 H(LOWER) RS15A_HUMAN P62244 I(LOWER) RS16_HUMAN P62249 J(LOWER) RS20_HUMAN P60866 K(LOWER) RS14_HUMAN P62263 L(LOWER) RS23_HUMAN P62266 M(LOWER) RS18_HUMAN P62269 N(LOWER) RS29_HUMAN P62273 O(LOWER) RS15_THETH P80378 Q(LOWER) RS11_HUMAN P62280 S(LOWER) RS15_HUMAN P62841 FOR CHAIN D(LOWER) THIS SEQUENCE IS S4P PROTEIN IN T.THERMOPHILUS. THE FIT IN THE VOLUME HOWEVER IS VERY GOOD INDICATING HIGH STRUCTURAL HOMOLOGY WITH THE MAMMALIAN S9E PROTEIN. FOR CHAIN O(LOWER) THIS SEQUENCE IS S15P PROTEIN IN T.THERMOPHILUS. THE FIT IN THE VOLUME HOWEVER IS VERY GOOD INDICATING HIGH STRUCTURAL HOMOLOGY WITH THE MAMMALIAN S13E PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
140S ribosomal subunit in the 80S ribosome-channel complexリボソームRIBOSOME0
240S ribosomal subunitリボソーム1
緩衝液名称: 30mM Hepes, 50mM KAc, 10mM Mg acetate, 1.5% digitonin
pH: 7.5
詳細: 30mM Hepes, 50mM KAc, 10mM Mg acetate, 1.5% digitonin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: thin carbon film on copper 400 mesh grids
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: plunge freezing with a custom apparatus at 4C and RH greater than 90 percent

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2002年4月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2Insight IIモデルフィッティング
3Mod-EMモデルフィッティング
4MODPIPEモデルフィッティング
5Oモデルフィッティング
6RSRefモデルフィッティング
7RELION３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction using phase flipping and setsf in EMAN to correct the amplitudes
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 8.7 Å / 粒子像の数: 78800 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.73 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.73 Å
倍率補正: Used the 4.6A spacing of vermiculite as a standard
詳細: Refinements done in EMAN / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: Rigid body fitting and best visual fit using the program O for RNA. For the proteins DOPE score and other statistical techniques were used to evaluate the best fold and a local ...Target criteria: Rigid body fitting and best visual fit using the program O for RNA. For the proteins DOPE score and other statistical techniques were used to evaluate the best fold and a local exhaustive exploration of Euler angles was used to evaluate the best fit into the density.
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11J5E

1j5e

11J5E1PDBexperimental model
21VI6

1vi6

11VI62PDBexperimental model
31FJG

1fjg

11FJG3PDBexperimental model
41IGV

1igv

11IGV4PDBexperimental model
51I6U

1i6u

11I6U5PDBexperimental model
62AVY

2avy
PDB 未公開エントリ

12AVY6PDBexperimental model
71G1X

1g1x

11G1X7PDBexperimental model
81RQ6

1rq6

11RQ68PDBexperimental model
91K7K

1k7k

11K7K9PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16933 1612 0 0 18545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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