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- PDB-4v4p: Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4p
タイトルCrystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S rRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 50S general stress protein CTC (L25)
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • tRNA Phe (unmodified bases)
  • thrS mRNA operator
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mRNA (伝令RNA) / translational operator
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein L30, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein L2, domain 3
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Jenner, L. / Romby, P. / Rees, B. / Schulze-Briese, C. / Springer, M. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Moras, D. / Yusupova, G. / Yusupov, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Translational operator of mRNA on the ribosome: how repressor proteins exclude ribosome binding.
著者: Jenner, L. / Romby, P. / Rees, B. / Schulze-Briese, C. / Springer, M. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Moras, D. / Yusupova, G. / Yusupov, M.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1YL3, 1YL4
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 400COMPOUND PDB ENTRIES 1YL3 AND 1YL4 REPRESENT ONE CRYSTAL STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S ...COMPOUND PDB ENTRIES 1YL3 AND 1YL4 REPRESENT ONE CRYSTAL STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME. THIS FILE, 1YL3, CONTAINS THE 50S SUBUNIT. THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT WITH MRNA AND TRNAS IS IN FILE 1YL4.
Remark 999SEQUENCE Initial C alpha coordinates of most proteins were those of PDB entry 1giy, which is the ...SEQUENCE Initial C alpha coordinates of most proteins were those of PDB entry 1giy, which is the same ribosome subunit from the same organism (Th. thermophilus). This was completed with proteins from 1nkw (same ribosome subunit from Deinococcus radiodurans), and structures of isolated proteins whenever available. The sequence of this subunit represent that of pdb entry 1giy. Proteins L20, L21, L25, L27, and L31 to L36 in the initial model were those of entry 1nkw and have the Deinococcus radiodurans sequence. The dbref is provided only for the sequences that match the relevant proteins from T. thermophilus. Residues (D ALA 216 ) and (D PRO 222 ) are linked together, Residues (E THR 49 ) and (E PRO 61 ) are linked together, Residues (E GLU 66 ) and (E THR 67 ) are linked together, Residues (E GLU 87 ) and (E GLN 93 ) are linked together, Residues (E ASN 190 ) and (E ILE 192 ) are linked together, Residues (E GLY 274 ) and (E GLY 291 ) are linked together, Residues (E ARG 312 ) and (E ALA 314 ) are linked together, Residues (F ASP 7 ) and (F ASN 11 ) are linked together, Residues (F ARG 168 ) and (F LEU 193 ) are linked together, Residues (F GLY 230 ) and (F ARG 231 ) are linked together, Residues (G GLY 107 ) and (G LEU 128 ) are linked together, Residues (K GLY 86 ) and (K ARG 88 ) are linked together, Residues (M PRO 88 ) and (M LYS 90 ) are linked together, Residues (O GLU 83 ) and (O ASP 92 ) are linked together, Residues (O VAL 96 ) and (O ALA 100 ) are linked together, Residues (Q THR 49 ) and (Q PRO 52 ) are linked together, Residues (Q GLU 72 ) and (Q PRO 74 ) are linked together, Residues (Q GLY 76 ) and (Q SER 80 ) are linked together, Residues (Q PRO 111 ) and (Q LYS 114 ) are linked together, Residues (R LEU 42 ) and (R ARG 44 ) are linked together, Residues (T PHE 20 ) and (T ASN 22 ) are linked together, Residues (T ASP 73 ) and (T GLN 75 ) are linked together, Residues (U GLY 36 ) and (U VAL 40 ) are linked together, Residues (W ARG 31 ) and (W VAL 33 ) are linked together.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AB: 5S ribosomal RNA
AA: 23S ribosomal RNA
AC: 50S ribosomal protein L1
AD: 50S ribosomal protein L2
AE: 50S ribosomal protein L3
AF: 50S ribosomal protein L4
AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AI: 50S ribosomal protein L7/L12
AJ: 50S ribosomal protein L7/L12
AK: 50S ribosomal protein L9
AL: 50S ribosomal protein L11
AM: 50S ribosomal protein L13
AN: 50S ribosomal protein L14
AO: 50S ribosomal protein L15
AP: 50S ribosomal protein L16
AQ: 50S ribosomal protein L18
AR: 50S ribosomal protein L19
AS: 50S ribosomal protein L22
AT: 50S ribosomal protein L23
AU: 50S ribosomal protein L24
AV: 50S general stress protein CTC (L25)
AW: 50S ribosomal protein L29
AX: 50S ribosomal protein L30
A0: 50S ribosomal protein L17
A1: 50S ribosomal protein L20
A2: 50S ribosomal protein L21
A3: 50S ribosomal protein L27
A4: 50S ribosomal protein L31
A5: 50S ribosomal protein L32
A6: 50S ribosomal protein L33
A7: 50S ribosomal protein L34
A8: 50S ribosomal protein L35
A9: 50S ribosomal protein L36
BA: 16S rRNA
BB: tRNA Phe (unmodified bases)
BC: tRNA Phe (unmodified bases)
B1: thrS mRNA operator
BE: 30S ribosomal protein S2
BF: 30S ribosomal protein S3
BG: 30S ribosomal protein S4
BH: 30S ribosomal protein S5
BI: 30S ribosomal protein S6
BJ: 30S ribosomal protein S7
BK: 30S ribosomal protein S8
BL: 30S ribosomal protein S9
BM: 30S ribosomal protein S10
BN: 30S ribosomal protein S11
BO: 30S ribosomal protein S12
BP: 30S ribosomal protein S13
BQ: 30S ribosomal protein S14
BR: 30S ribosomal protein S15
BS: 30S ribosomal protein S16
BT: 30S ribosomal protein S17
BU: 30S ribosomal protein S18
BV: 30S ribosomal protein S19
BW: 30S ribosomal protein S20
BX: 30S ribosomal protein Thx


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,308,73658
ポリマ－2,308,73658
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)508.640, 508.640, 806.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 ABAABABBBCB1

#1: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 48271
#2: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 947975.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 48268
#34: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: GenBank: 155076
#35: RNA鎖 tRNA Phe (unmodified bases)


分子量: 24518.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER
#36: RNA鎖 thrS mRNA operator


分子量: 24992.760 Da / 分子数: 1
Fragment: nucleotides -59 to +19 of thrS mRNA (here renumbered 1 to 77)
由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 transcript of the E.coli thrmRNA 78 nuc fragment / キーワード: MONOMER

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 31分子 ACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAWAXA0A1A2A3A4A5A6A7A8A9

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 24736.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P27150
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 19283.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 37412.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 26443.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19202.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L7/L12 / リボソーム


分子量: 13475.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 16341.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 15111.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13369.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15313.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P48286, UniProt: Q5SHP3*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P74909, UniProt: Q5SHQ6*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13991.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 8597.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 9294.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7261.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4265.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AV

#21: タンパク質 50S general stress protein CTC (L25)


分子量: 27004.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX

#37: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: P80371
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHP4, UniProt: P80372*PLUS
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHR5, UniProt: P80373*PLUS
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SLP8
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHN4, UniProt: P17291*PLUS
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SIB0, UniProt: P80374*PLUS
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHN7
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: P80376
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
生物種: Thermus thermophilusサーマス・サーモフィルス
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHN3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: P80377
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SJ76
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SJH3
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
生物種: Thermus thermophilusサーマス・サーモフィルス
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SHP2
#55: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SIH2, UniProt: P80380*PLUS
#56: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / リボソーム


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / キーワード: MONOMER / 参照: UniProt: Q5SIH3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 87.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2H2O11
3MPD12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月30日 / 詳細: Dynamically Bendable Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.5→300 Å / Num. obs: 165570 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 5.5→5.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique all: 7889 / Χ2: 1.573 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entries 1giy (70S ribosome), 1nkw (50S subunit of D. rad. ribosome), 1ad2, 1gd8, 1bxe, 1bxy (T. th. ribosomal proteins L1, L17, L22 and L30

1giy
PDB 未公開エントリ

1nkw

1ad2

1gd8

1bxe

1bxy


解像度: 5.5→300 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 2 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.356 7724 4.6 %random
Rwork0.307 ---
all0.314 165002 --
obs0.309 160401 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 204 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.5→300 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27609 64488 0 0 92097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.5-5.840.466512420.4383X-RAY DIFFRACTION91.9
5.84-6.30.419912220.3572X-RAY DIFFRACTION91.7
6.3-6.930.395512740.3153X-RAY DIFFRACTION95.5
6.93-7.930.384812950.2849X-RAY DIFFRACTION95.9
7.93-9.990.376413030.2973X-RAY DIFFRACTION96.1
9.99-3000.316513880.2916X-RAY DIFFRACTION96.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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