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- PDB-4w29: 70S ribosome translocation intermediate containing elongation fac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w29
タイトル70S ribosome translocation intermediate containing elongation factor EFG/GDP/fusidic acid, mRNA, and tRNAs trapped in the AP/AP pe/E chimeric hybrid state.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 34
  • (tRNA) x 2
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • Elongation factor G
  • mRNA
キーワードRIBOSOME/Antibiotic / Chimeric hybrid state ribosome / translocation intermediate / EF-G / mRNA / tRNA / ribosome-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain ...Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
FUSIDIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NEOMYCIN / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...FUSIDIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NEOMYCIN / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Elongation factor G / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli str. K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhou, J. / Lancaster, L. / Donohue, J.P. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: How the ribosome hands the A-site tRNA to the P site during EF-G-catalyzed translocation.
著者: Zhou, J. / Lancaster, L. / Donohue, J.P. / Noller, H.F.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4QS0, 4QS1, 4QS2, 4QS3
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AY: Elongation factor G
AA: 16S Ribosomal RNA
AW: tRNA
AV: mRNA
AX: tRNA
BC: 50S ribosomal protein L1
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BJ: 50S ribosomal protein l10
BK: 50S ribosomal protein L11
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L25
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
Be: 50S ribosomal protein L7/L12
Bf: 50S ribosomal protein L7/L12
Bg: 50S ribosomal protein L7/L12
Bh: 50S ribosomal protein L7/L12
BA: 23S Ribosomal RNA
BB: 5S Ribosomal RNA
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14 type Z
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CY: Elongation factor G
CA: 16S Ribosomal RNA
CV: mRNA
CW: tRNA
CX: tRNA
DC: 50S ribosomal protein L1
DD: 50S ribosomal protein L2
DE: 50S ribosomal protein L3
DF: 50S ribosomal protein L4
DG: 50S ribosomal protein L5
DH: 50S ribosomal protein L6
DJ: 50S ribosomal protein l10
DK: 50S ribosomal protein L11
DN: 50S ribosomal protein L13
DO: 50S ribosomal protein L14
DP: 50S ribosomal protein L15
DQ: 50S ribosomal protein L16
DR: 50S ribosomal protein L17
DS: 50S ribosomal protein L18
DT: 50S ribosomal protein L19
DU: 50S ribosomal protein L20
DV: 50S ribosomal protein L21
DW: 50S ribosomal protein L22
DX: 50S ribosomal protein L23
DY: 50S ribosomal protein L24
DZ: 50S ribosomal protein L25
D0: 50S ribosomal protein L27
D1: 50S ribosomal protein L28
D2: 50S ribosomal protein L29
D3: 50S ribosomal protein L30
D4: 50S ribosomal protein L31
D5: 50S ribosomal protein L32
D6: 50S ribosomal protein L33
D7: 50S ribosomal protein L34
D8: 50S ribosomal protein L35
D9: 50S ribosomal protein L36
De: 50S ribosomal protein L7/L12
Df: 50S ribosomal protein L7/L12
Dg: 50S ribosomal protein L7/L12
Dh: 50S ribosomal protein L7/L12
DA: 23S Ribosomal RNA
DB: 5S Ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,630,819134
ポリマ－4,625,163122
非ポリマー5,65612
水00
1
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AY: Elongation factor G
AA: 16S Ribosomal RNA
AW: tRNA
AV: mRNA
AX: tRNA
BC: 50S ribosomal protein L1
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BJ: 50S ribosomal protein l10
BK: 50S ribosomal protein L11
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L25
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
Be: 50S ribosomal protein L7/L12
Bf: 50S ribosomal protein L7/L12
Bg: 50S ribosomal protein L7/L12
Bh: 50S ribosomal protein L7/L12
BA: 23S Ribosomal RNA
BB: 5S Ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,316,02468
ポリマ－2,312,58261
非ポリマー3,4437
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14 type Z
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CY: Elongation factor G
CA: 16S Ribosomal RNA
CV: mRNA
CW: tRNA
CX: tRNA
DC: 50S ribosomal protein L1
DD: 50S ribosomal protein L2
DE: 50S ribosomal protein L3
DF: 50S ribosomal protein L4
DG: 50S ribosomal protein L5
DH: 50S ribosomal protein L6
DJ: 50S ribosomal protein l10
DK: 50S ribosomal protein L11
DN: 50S ribosomal protein L13
DO: 50S ribosomal protein L14
DP: 50S ribosomal protein L15
DQ: 50S ribosomal protein L16
DR: 50S ribosomal protein L17
DS: 50S ribosomal protein L18
DT: 50S ribosomal protein L19
DU: 50S ribosomal protein L20
DV: 50S ribosomal protein L21
DW: 50S ribosomal protein L22
DX: 50S ribosomal protein L23
DY: 50S ribosomal protein L24
DZ: 50S ribosomal protein L25
D0: 50S ribosomal protein L27
D1: 50S ribosomal protein L28
D2: 50S ribosomal protein L29
D3: 50S ribosomal protein L30
D4: 50S ribosomal protein L31
D5: 50S ribosomal protein L32
D6: 50S ribosomal protein L33
D7: 50S ribosomal protein L34
D8: 50S ribosomal protein L35
D9: 50S ribosomal protein L36
De: 50S ribosomal protein L7/L12
Df: 50S ribosomal protein L7/L12
Dg: 50S ribosomal protein L7/L12
Dh: 50S ribosomal protein L7/L12
DA: 23S Ribosomal RNA
DB: 5S Ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,314,79566
ポリマ－2,312,58261
非ポリマー2,2145
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)306.919, 677.002, 356.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 38分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 27116.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62662
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22975.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62663
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62664
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16460.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62665
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62666
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62667
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62668
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14279.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11398.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62653
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62654
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13875.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P61941
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62655
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62656
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62657
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9995.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62238
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11880.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8155.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62659
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9006.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62660
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10921.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AYCY

#20: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 76510.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I01

-
RNA鎖 , 6種, 12分子 AACAAWCWAVCVAXCXBADABBDB

#21: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 490593.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#22: RNA鎖 tRNA


分子量: 24728.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1151176235
#23: RNA鎖 mRNA


分子量: 11747.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in-vitro transcription / 由来: (合成) Escherichia coli str. K-12 (大腸菌)
#24: RNA鎖 tRNA


分子量: 24608.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1154835240
#59: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 936302.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#60: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919

+
50S ribosomal protein ... , 34種, 70分子 BCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBJDJBKDKBNDNBODOBPDPBQDQBRDRBSDSBTDT...

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24741.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J1EJ43
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30401.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I07
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22321.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I04
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23071.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / TL4 / TthL5


分子量: 20930.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P41201
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18088.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I19
#31: タンパク質 50S ribosomal protein l10


分子量: 14485.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14754.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62442
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15828.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72IN1
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J1EU54
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15858.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I23
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I11
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I33
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 10998.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I20
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 16289.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13648.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72L76
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72HR2
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I09
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10386.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I06
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11696.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I15
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 20878.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72IA7
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9397.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 10430.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60494
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8539.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I12
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I22
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31


分子量: 3893.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72JR0
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6590.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 6214.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72GW3
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7374.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72L77
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I28
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L7/L12


分子量: 10280.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72GS2
#57: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L7/L12


分子量: 2656.265 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039
#58: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L7/L12


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#61: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#62: 化合物 ChemComp-FUA / FUSIDIC ACID / フシジン酸


分子量: 516.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H48O6 / コメント: 抗生剤, 抗菌剤*YM
#63: 化合物
ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / コメント: 抗生剤*YM
#64: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→357 Å / Num. obs: 482241 / 冗長度: 3.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F1E, 3F1F

3f1e
PDB 未公開エントリ

3f1f
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.8→49.98 Å / SU ML: 1.39 / 位相誤差: 43.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3306 21541 5.03 %
Rwork0.2946 --
obs0.2964 428378 -
all-482241 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数109546 202136 384 0 312066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005338157
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.131503762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.329156393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04863595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00628906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.84320.42083410.36895868X-RAY DIFFRACTION26
3.8432-3.88840.41273230.3676767X-RAY DIFFRACTION30
3.8884-3.93580.4013960.36527146X-RAY DIFFRACTION32
3.9358-3.98560.39843840.36736525X-RAY DIFFRACTION29
3.9856-4.0380.38394120.36417481X-RAY DIFFRACTION33
4.038-4.09330.39614280.36688180X-RAY DIFFRACTION36
4.0933-4.15170.41884710.36539361X-RAY DIFFRACTION42
4.1517-4.21370.42615410.36310021X-RAY DIFFRACTION45
4.2137-4.27950.38546160.362210836X-RAY DIFFRACTION48
4.2795-4.34960.38975290.364210622X-RAY DIFFRACTION47
4.3496-4.42460.3815500.365811037X-RAY DIFFRACTION49
4.4246-4.5050.39896210.366611342X-RAY DIFFRACTION51
4.505-4.59160.40116420.359911756X-RAY DIFFRACTION52
4.5916-4.68520.40886900.356512452X-RAY DIFFRACTION55
4.6852-4.7870.38967260.357613128X-RAY DIFFRACTION59
4.787-4.89830.38167110.354313410X-RAY DIFFRACTION60
4.8983-5.02070.38847390.357713901X-RAY DIFFRACTION62
5.0207-5.15630.38537850.352715309X-RAY DIFFRACTION68
5.1563-5.30790.38718290.348615638X-RAY DIFFRACTION70
5.3079-5.4790.37258220.33516361X-RAY DIFFRACTION72
5.479-5.67450.36099010.323416605X-RAY DIFFRACTION74
5.6745-5.90140.36368910.328916836X-RAY DIFFRACTION75
5.9014-6.16950.35519060.330717067X-RAY DIFFRACTION76
6.1695-6.49410.35239550.319817499X-RAY DIFFRACTION78
6.4941-6.90.34919460.312118657X-RAY DIFFRACTION83
6.9-7.43120.311110290.286119558X-RAY DIFFRACTION87
7.4312-8.17610.311911080.274320339X-RAY DIFFRACTION91
8.1761-9.35250.257810740.237321278X-RAY DIFFRACTION94
9.3525-11.75780.213711220.189621135X-RAY DIFFRACTION94
11.7578-49.98480.213210530.168920722X-RAY DIFFRACTION91

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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