PDB-4un3: Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4un3

タイトル

Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target

要素

CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1
NON-TARGET DNA STRAND
SGRNASubgenomic mRNA
TARGET DNA STRAND

キーワード

HYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX /

CRISPR (CRISPR) /

GENOME EDITING (ゲノム編集) / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

DNA binding /

RNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.593 Å

データ登録者

Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Pam-Dependent Target DNA Recognition by the Cas9 Endonuclease
著者: Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M.

履歴

登録	2014年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4un3.cif.gz	674.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4un3.ent.gz	545.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4un3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: SGRNA

B: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1

C: TARGET DNA STRAND

D: NON-TARGET DNA STRAND

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.723, 68.142, 188.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖	TARGET DNA STRAND 分子量: 8552.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖	NON-TARGET DNA STRAND 分子量: 3725.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖	SGRNA / Subgenomic mRNA 分子量: 26788.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: タンパク質	CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1 / CAS9 分子量: 158919.047 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) 株: M1 / プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#1: RNA鎖

SGRNA /

Subgenomic mRNA

分子量: 26788.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

#2: タンパク質

CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1 / CAS9

分子量: 158919.047 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: M1 / プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q99ZW2,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 2種, 413分子

#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO ...N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO INACTIVATE THE HNH DOMAIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→48.15 Å / Num. obs: 126432 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.593→48.154 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	6332	5 %
R_work	0.2171	-	-
obs	0.2189	65224	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.593→48.154 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10690	2526	8	405	13629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779	19008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.134	5552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2171
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5927-2.6222	0.3791	160	0.3387	3040	X-RAY DIFFRACTION	74
2.6222-2.653	0.366	216	0.3132	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.653-2.6854	0.3459	203	0.3036	3909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6854-2.7193	0.393	218	0.304	4197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7193-2.7551	0.3829	208	0.2958	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7551-2.7929	0.3347	214	0.2903	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7929-2.8328	0.3445	217	0.2949	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8328-2.875	0.3149	213	0.281	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.875-2.92	0.3335	211	0.2827	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.9678	0.371	220	0.3067	4093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9678-3.019	0.3431	210	0.2993	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.0739	0.3294	217	0.282	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
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3.133-3.1969	0.2836	209	0.2502	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1969-3.2664	0.2577	218	0.229	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2664-3.3424	0.259	214	0.2285	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3424-3.426	0.2966	211	0.2314	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
3.426-3.5186	0.2418	214	0.229	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5186-3.6221	0.2568	217	0.2177	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6221-3.7389	0.2663	210	0.2076	4021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7389-3.8725	0.1916	213	0.1918	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8725-4.0275	0.2054	211	0.1822	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0275-4.2107	0.2408	214	0.186	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2107-4.4325	0.1918	213	0.1815	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4325-4.71	0.2197	211	0.1691	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-5.0733	0.202	211	0.1661	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0733-5.5832	0.2163	215	0.1824	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5832-6.3895	0.2484	213	0.1945	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3895-8.044	0.2031	214	0.1941	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
8.044-48.1619	0.1962	207	0.1853	4022	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0908	0.0816	0.0037	0.0702	-0.0055	0.1209	0.0165	0.0316	-0.0146	0.0247	-0.0268	-0.0366	0.0024	0.1257	-0.0036	-0.0256	-0.1443	-0.0395	0.1632	-0.025	0.0314	95.2594	63.6119	37.4695
2	0.0105	0.0011	-0.0006	0.0094	-0.0056	0.0051	-0.0024	0.039	-0.0273	0.0232	-0.0311	0.039	-0.035	-0.0038	0	0.5292	-0.0396	0.0182	0.3181	-0.0806	0.5123	114.6766	56.0962	66.2952
3	0.1885	-0.1065	0.0232	0.2769	0.0664	0.3458	-0.0087	-0.0443	-0.0245	0.1216	0.0226	-0.0411	0.0393	0.1886	-0.0699	0.1398	-0.0147	-0.0915	0.092	-0.0037	0.1421	100.0829	64.6393	55.117
4	0.0761	0.0544	0.0471	0.1312	-0.0291	0.1193	-0.0098	0.023	-0.0805	0.1253	0.0618	-0.0553	0.0586	-0.0065	0.0362	0.1805	0.0397	-0.0246	0.0622	-0.0395	0.1432	82.2163	66.4306	66.9158
5	0.0194	0.0008	0.0032	0.0115	-0.0024	0.0129	-0.0209	-0.0934	-0.0802	0.1264	-0.0325	0.0231	0.1004	-0.0511	0	0.3964	0.026	-0.0605	0.3176	-0.0038	0.3785	83.9835	38.6548	72.9726
6	0.0324	0.0012	0.0053	0.0324	0.0096	0.0194	0.0141	-0.0467	-0.0148	0.0503	-0.0344	-0.0554	0.0298	-0.0241	0.0039	0.1156	-0.0329	0.0291	0.0743	0.0009	0.1182	55.5236	50.9213	62.3258
7	0.0185	0.0191	-0.0024	0.0613	0.0568	0.0492	-0.0746	0.0158	-0.0777	0.1344	-0.0229	0.0885	0.2225	-0.1059	-0.1724	0.0121	-0.3033	0.0057	0.0415	-0.072	0.0743	60.5735	44.2021	37.1524
8	0.0643	-0.0417	0.0463	0.099	-0.0757	0.0549	0.0219	0.0311	0.0415	0.029	0.0504	-0.0039	0.0808	0.0397	0.0241	0.1525	-0.0029	0.0188	0.1895	-0.0582	0.1305	92.5613	60.0417	42.5298
9	0.0012	-0.0011	-0.0002	0.0019	0.0008	0.0011	0.0075	0.0167	-0.0039	-0.0165	0.0038	0.0485	-0.0008	-0.0043	0.0001	0.6172	0.0727	-0.0683	0.5789	-0.1161	0.4901	109.7609	38.6731	2.1638
10	0.0766	-0.0094	0.066	0.0452	0.0236	0.109	0.0156	0.0469	0.0135	-0.0218	0.0223	0.0098	0.0225	0.0644	0.0706	0.0869	-0.0523	-0.0176	0.1324	-0.0219	0.1457	85.7157	66.9021	29.9779
11	0.004	0.0039	-0.0001	0.0027	-0.0004	0.0001	-0.009	-0.0137	0.0316	0.0053	0.0018	-0.0377	-0.0245	0.0367	-0.0001	0.7267	-0.035	0.032	0.6894	0.0275	0.7331	50.9252	72.2987	36.7413
12	0.1729	0.0103	0.1076	0.0739	-0.0134	0.0729	0.0153	0.0845	-0.1901	-0.1091	0.0086	0.1936	0.1289	-0.0969	0.0131	0.4597	-0.0813	-0.0378	0.4863	-0.143	0.3685	79.5108	42.4677	25.1308
13	0.029	-0.0146	0.0031	0.0386	0.0259	0.0291	-0.0095	-0.0734	0.0058	0.0608	0.0722	0.0433	0.0066	-0.0156	0.0119	0.2348	-0.0379	0.0182	0.2249	0.0322	0.2063	81.5588	62.553	65.6599
14	0.02	-0.002	-0.0026	0.0248	-0.0131	0.0065	0.0106	-0.028	-0.2096	0.0238	0.0007	-0.0786	0.112	0.0553	-0.0001	0.5127	-0.041	0.0433	0.479	-0.1029	0.3869	77.6309	43.1683	25.8268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'B' AND (RESID 4 THROUGH 207 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'B' AND (RESID 208 THROUGH 299 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 300 THROUGH 601 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 602 THROUGH 829 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 830 THROUGH 909 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 910 THROUGH 1000 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 1001 THROUGH 1364 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 32 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 40 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 71 THROUGH 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 10 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 11 THROUGH 28 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 12 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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