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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uje | |||||||||||||||
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タイトル | Regulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / TRANSLATION / MAMMALIAN 80S RIBOSOME / ELONGATION CYCLE / POST-TRANSLOCATIONAL STATE / TRNA SELECTION | |||||||||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) BOS TAURUS (ウシ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Budkevich, T.V. / Giesebrecht, J. / Behrmann, E. / Loerke, J. / Ramrath, D.J.F. / Mielke, T. / Ismer, J. / Hildebrand, P. / Tung, C.-S. / Nierhaus, K.H. ...Budkevich, T.V. / Giesebrecht, J. / Behrmann, E. / Loerke, J. / Ramrath, D.J.F. / Mielke, T. / Ismer, J. / Hildebrand, P. / Tung, C.-S. / Nierhaus, K.H. / Sanbonmatsu, K.Y. / Spahn, C.M.T. | |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2014 タイトル: Regulation of the mammalian elongation cycle by subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement. 著者: Tatyana V Budkevich / Jan Giesebrecht / Elmar Behrmann / Justus Loerke / David J F Ramrath / Thorsten Mielke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Chang-Shung Tung / Knud H Nierhaus / Karissa ...著者: Tatyana V Budkevich / Jan Giesebrecht / Elmar Behrmann / Justus Loerke / David J F Ramrath / Thorsten Mielke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Chang-Shung Tung / Knud H Nierhaus / Karissa Y Sanbonmatsu / Christian M T Spahn / 要旨: The extent to which bacterial ribosomes and the significantly larger eukaryotic ribosomes share the same mechanisms of ribosomal elongation is unknown. Here, we present subnanometer resolution ...The extent to which bacterial ribosomes and the significantly larger eukaryotic ribosomes share the same mechanisms of ribosomal elongation is unknown. Here, we present subnanometer resolution cryoelectron microscopy maps of the mammalian 80S ribosome in the posttranslocational state and in complex with the eukaryotic eEF1A⋅Val-tRNA⋅GMPPNP ternary complex, revealing significant differences in the elongation mechanism between bacteria and mammals. Surprisingly, and in contrast to bacterial ribosomes, a rotation of the small subunit around its long axis and orthogonal to the well-known intersubunit rotation distinguishes the posttranslocational state from the classical pretranslocational state ribosome. We term this motion "subunit rolling." Correspondingly, a mammalian decoding complex visualized in substates before and after codon recognition reveals structural distinctions from the bacterial system. These findings suggest how codon recognition leads to GTPase activation in the mammalian system and demonstrate that in mammalia subunit rolling occurs during tRNA selection. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uje.cif.gz | 4.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uje.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4uje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4uje_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4uje_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4uje_validation.xml.gz | 316.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4uje_validation.cif.gz | 569.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uje | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 7種, 7分子 AVAWAXB1A2A3A4
#1: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: FOR MODELING E.COLI TRNAPHE (CHAIN C, PDB ID CODE 3I8G) WAS USED. 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: FOR MODELING E.COLI TRNAPHE (CHAIN D, PDB ID CODE 3I8G) WAS USED. 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: LIVER |
#3: RNA鎖 | 分子量: 8527.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FOR MODELING MRNA (CHAIN 1, PDB ID CODE 3I8G) WAS USED. 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
#81: RNA鎖 | 分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
#82: RNA鎖 | 分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
#83: RNA鎖 | 分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
+40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBe
-タンパク質 , 3種, 3分子 BfBgCm
#36: タンパク質 | 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
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#37: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
#75: タンパク質 | 分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) |
+60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 CACBCCCDCECFCGCHCICJCLCMCNCOCPCQCRCSCTCUCVCWCXCYCZCaCbCcCdCe...
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: POST-TRANSLOCATIONAL RABBIT 80S RIBOSOME WITH TWO TRNAS AND MRNA BOUND タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 20MM HEPES-KOH, 5MM MGCL2, 100 MM NH4CL, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL 0.8 MM SPERMIDINE, 0.6 MM SPERMINE pH: 7.5 詳細: 20MM HEPES-KOH, 5MM MGCL2, 100 MM NH4CL, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL 0.8 MM SPERMIDINE, 0.6 MM SPERMINE |
試料 | 濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 80, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2008年6月2日 / 詳細: MINIMAL DOSE SYSTEM |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 65520 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 826 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUP | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 6.9 Å / 粒子像の数: 236113 / ピクセルサイズ(公称値): 1.26 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.26 Å / 倍率補正: CROSS- -CORRELATION WITH KNOWN STRUCTURE 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2620. (DEPOSITION ID: 12402). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--MDFIT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 6.9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6.9 Å
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