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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ufo | ||||||
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タイトル | Laboratory evolved variant R-C1B1D33E6 of potato epoxide hydrolase StEH1 | ||||||
要素 | EPOXIDE HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / EPOXIDE HYDROLYSIS / ALPHA/BETA-HYDROLASE / DIRECTED EVOLUTION / ASYMMETRIC SYNTHESES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Carlsson, A.J. / Bauer, P. / Nilsson, M. / Dobritzsch, D. / Kamerlin, S.C.L. / Widersten, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016 タイトル: Laboratory Evolved Enzymes Provide Snapshots of the Development of Enantioconvergence in Enzyme-Catalyzed Epoxide Hydrolysis. 著者: Janfalk Carlsson, A. / Bauer, P. / Dobritzsch, D. / Nilsson, M. / Kamerlin, S.C. / Widersten, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ufo.cif.gz | 143.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ufo.ent.gz | 113.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ufo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ufo_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ufo_full_validation.pdf.gz | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ufo_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ufo_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 320 / Label seq-ID: 2 - 320
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.7067, 0.6889, 0.1613), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37074.449 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) / 株: LEMHI RUSSET / プラスミド: PGTACSTEH1-5H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE / 参照: UniProt: Q41415, epoxide hydrolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE IS C-TERMINALLY HIS-TAGGED AND IS MUTATED AT 7 POSITIONS (P84L, W106L, L109Y, V141K, ...THE SEQUENCE IS C-TERMINALLY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 24% (W/V) PEG5K-MME, 0.1 M TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→76.75 Å / Num. obs: 45055 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CJP 解像度: 2.02→76.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.134 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.572 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→76.75 Å
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拘束条件 |
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