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- PDB-4u8j: Structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u8j
タイトルStructure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mutant Y104A
要素UDP-galactopyranose mutaseUDP-ガラクトピラノースムターゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / NUCLEOTIDE BINDING (ヌクレオチド) / MUTASE (ムターゼ) / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING (フラビンアデニンジヌクレオチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-ガラクトピラノースムターゼ / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-ガラクトピラノースムターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qureshi, I.A. / Chaudhary, R. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094469 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Contributions of Unique Active Site Residues of Eukaryotic UDP-Galactopyranose Mutases to Substrate Recognition and Active Site Dynamics.
著者: Da Fonseca, I. / Qureshi, I.A. / Mehra-Chaudhary, R. / Kizjakina, K. / Tanner, J.J. / Sobrado, P.
履歴
登録2014年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,31244
ポリマ－228,1464
非ポリマー6,16740
水15,511861
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area76920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.419, 218.419, 322.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
UDP-galactopyranose mutase / UDP-ガラクトピラノースムターゼ


分子量: 57036.391 Da / 分子数: 4 / 変異: Y104A, K344A, K345A, A429T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)
遺伝子: glf, glfA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-ガラクトピラノースムターゼ
#2: 化合物
ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.2 - 1.4 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate at pH 4.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→163.12 Å / Num. obs: 198787 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 24.07 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 2130460
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.3411.20.7593.110915397170.8190.23699.9
12.6-163.129.80.03419.71364313910.9990.01198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.1.29データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3UTF

3utf


解像度: 2.3→163 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 9978 5.02 %
Rwork0.1818 188745 -
obs0.1837 198723 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.07 Å2 / Biso mean: 29.1691 Å2 / Biso min: 11.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15563 0 379 861 16803
Biso mean--36.61 31.34 -
残基数----2020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02322263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0995940
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.32610.33173370.244761736510100
2.3261-2.35350.28543380.237162036541100
2.3535-2.38220.31723030.237362616564100
2.3822-2.41240.29083300.225962226552100
2.4124-2.44410.26173110.215362476558100
2.4441-2.47760.27283650.213862136578100
2.4776-2.5130.26123290.205462266555100
2.513-2.55050.25183090.208362246533100
2.5505-2.59040.28013600.213962196579100
2.5904-2.63280.27573220.208162626584100
2.6328-2.67820.25433220.205462476569100
2.6782-2.72690.26333290.204162536582100
2.7269-2.77940.25513290.202862456574100
2.7794-2.83610.24233020.204363076609100
2.8361-2.89780.25563180.202162266544100
2.8978-2.96520.2373170.204463076624100
2.9652-3.03940.23553530.201762676620100
3.0394-3.12160.25733430.209362606603100
3.1216-3.21340.24873170.206462976614100
3.2134-3.31720.22353430.192462736616100
3.3172-3.43570.25073710.20262346605100
3.4357-3.57330.2253290.193263236652100
3.5733-3.73590.223160.178563166632100
3.7359-3.93290.19693230.167563386661100
3.9329-4.17940.15793370.145163206657100
4.1794-4.50210.14723190.12763516670100
4.5021-4.95520.14783480.123963666714100
4.9552-5.67220.16983340.13466404673899
5.6722-7.14640.16953600.15216451681199
7.1464-163.53420.16433640.14776710707498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.626-0.0421-0.09020.3015-0.02760.47560.00370.2064-0.0155-0.0526-0.0041-0.0557-0.0095-0.0065-0.00370.14940.01930.03370.2492-0.02720.215871.660478.1296160.7226
20.4211-0.14990.03980.3952-0.00870.5887-0.0614-0.06010.01370.12740.02120.0585-0.0080.00270.04380.1910.03530.01680.1577-0.01260.200124.4375103.6865213.3797
30.89080.0153-0.15560.26430.07830.5699-0.01970.2869-0.1887-0.07060.05090.01360.08990.0254-0.02530.17640.0071-0.03190.2991-0.07520.26925.57168.519150.7311
40.4902-0.3128-0.01810.66140.16770.5234-0.0587-0.0971-0.1460.2450.08920.15820.0354-0.0394-0.02620.2650.05190.03450.20360.06720.270642.234160.1217223.7736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not resname FDAA0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not resname FDAB0
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and not resname FDAC0
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and not resname FDAD0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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