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- PDB-4u8p: Structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mut... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u8p | ||||||
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Title | Structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mutant Y317A complexed with UDP | ||||||
![]() | UDP-galactopyranose mutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / NUCLEOTIDE BINDING / MUTASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING | ||||||
Function / homology | ![]() UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qureshi, I.A. / Chaudhary, R. / Tanner, J.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Contributions of Unique Active Site Residues of Eukaryotic UDP-Galactopyranose Mutases to Substrate Recognition and Active Site Dynamics. Authors: Da Fonseca, I. / Qureshi, I.A. / Mehra-Chaudhary, R. / Kizjakina, K. / Tanner, J.J. / Sobrado, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 809 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 668.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 83.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 118.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4u8iC ![]() 4u8jC ![]() 4u8kC ![]() 4u8lC ![]() 4u8mC ![]() 4u8nC ![]() 4u8oC ![]() 4wx1C ![]() 3utfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 57036.391 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y317A, K344A, K345A, A429T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1275 molecules ![](data/chem/img/FDA.gif)
![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FDA / #3: Chemical | ChemComp-UDP / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.79 Å3/Da / Density % sol: 74.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 1.2 - 1.4 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate at pH 4.5. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CMOS / Date: Feb 23, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→61.04 Å / Num. obs: 275353 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 2047696 / Scaling rejects: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3UTF Resolution: 2.05→55.25 Å / FOM work R set: 0.879 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.47 Å2 / Biso mean: 30.77 Å2 / Biso min: 13.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→55.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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