[日本語] English
万見
- PDB-4r6j: Crystal structure of computaional designed Lucine rich repeats DL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6j
タイトルCrystal structure of computaional designed Lucine rich repeats DLRR_H in space group P212121
要素Lucine rich repeats DLRR_H
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Leucine rich repeats (ロイシンリッチリピート)
機能・相同性Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Alpha-Beta Horseshoe / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Control of repeat-protein curvature by computational protein design.
著者: Park, K. / Shen, B.W. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32015年2月18日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lucine rich repeats DLRR_H
B: Lucine rich repeats DLRR_H
C: Lucine rich repeats DLRR_H
D: Lucine rich repeats DLRR_H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1786
ポリマ－111,9864
非ポリマー1922
水1086
1
A: Lucine rich repeats DLRR_H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0932
ポリマ－27,9971
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lucine rich repeats DLRR_H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0932
ポリマ－27,9971
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lucine rich repeats DLRR_H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9971
ポリマ－27,9971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Lucine rich repeats DLRR_H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9971
ポリマ－27,9971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.775, 96.498, 136.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 2531 - 253
21THRTHRBB1 - 2531 - 253
12THRTHRAA1 - 2531 - 253
22THRTHRCC1 - 2531 - 253
13LEULEUAA1 - 2511 - 251
23LEULEUDD1 - 2511 - 251
14THRTHRBB1 - 2531 - 253
24THRTHRCC1 - 2531 - 253
15LEULEUBB1 - 2511 - 251
25LEULEUDD1 - 2511 - 251
16LEULEUCC1 - 2511 - 251
26LEULEUDD1 - 2511 - 251

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Lucine rich repeats DLRR_H


分子量: 27996.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 3350, 300 mM ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 27148 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASERMR位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 41.03 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25637 1378 5.1 %RANDOM
Rwork0.21889 ---
obs0.22078 25484 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7865 0 10 6 7881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.027983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.027838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.97510880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.535317988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.07251005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.99127.253364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.485151419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5271516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.983.1874038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.983.1874037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2634.7795037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1054.4995023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5563.4873945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2213.2513925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.724.7785811
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.52228.35432744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.52228.35332741
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A155050.12
12B155050.12
21A156790.1
22C156790.1
31A152120.15
32D152120.15
41B154460.13
42C154460.13
51B148130.16
52D148130.16
61C149790.16
62D149790.16
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 99 -
Rwork0.325 1843 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.03662.22982.572.460.94522.415-0.18370.110.1433-0.03790.08410.13020.085-0.10280.09960.05040.03820.00750.2863-0.00950.0140.1349-25.8222-14.0958
21.2655-0.40861.30730.9741-0.79117.86040.02460.19140.0824-0.1851-0.1076-0.3656-0.10620.77260.0830.34590.04460.17380.2239-0.00470.216815.3893-15.6248-48.5333
38.02531.7941-0.88752.4983-0.23142.65690.1301-0.33480.24040.4018-0.19660.2675-0.2016-0.13110.06650.28870.1954-0.04870.2478-0.1040.10710.08448.0436-20.1286
43.9098-1.1801-2.07832.62691.96467.147-0.31330.0133-0.2105-0.1333-0.29240.54530.1129-1.80490.60570.29410.04470.07060.8409-0.25880.5615-21.9585-4.3302-39.5161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 252

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る