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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qs9 | ||||||
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タイトル | Arabidopsis Hexokinase 1 (AtHXK1) mutant S177A structure in glucose-bound form | ||||||
要素 | Hexokinase-1ヘキソキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Hexokinase (ヘキソキナーゼ) / ATP-dependent / sugar sensor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexose catabolic process / regulation of secondary shoot formation / 蒸散 / sugar mediated signaling pathway / stomatal closure / hexokinase activity / glucose mediated signaling pathway / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / glucokinase activity ...hexose catabolic process / regulation of secondary shoot formation / 蒸散 / sugar mediated signaling pathway / stomatal closure / hexokinase activity / glucose mediated signaling pathway / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / glucokinase activity / plant-type vacuole / プログラム細胞死 / glucose binding / core promoter sequence-specific DNA binding / glycolytic process / mitochondrial outer membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / zinc ion binding / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, J. / Zhao, S. / Liu, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Biochemical and structural study of Arabidopsis hexokinase 1 著者: Feng, J. / Zhao, S. / Chen, X. / Wang, W. / Dong, W. / Chen, J. / Shen, J.-R. / Liu, L. / Kuang, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qs9.cif.gz | 190.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qs9.ent.gz | 148.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qs9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qs9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51768.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-496 / 変異: S177A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HXK1, GIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42525, ヘキソキナーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-BGC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, 22% PEG 3350, 50uM glucose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 25451 / Num. obs: 25426 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 193613 / Observed criterion σ(I): 193670 / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4QS7 解像度: 2.103→31.623 Å / FOM work R set: 0.7832 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.41 Å2 / Biso mean: 39.6 Å2 / Biso min: 17.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.103→31.623 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -10.3241 Å / Origin y: 7.1626 Å / Origin z: -7.0893 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |