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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qqe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of WDR5, WD repeat domain 5 in complex with compound SGC-DS-MT-0345 | ||||||
要素 | WD repeat-containing protein 5 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / WDR5 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / : / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / : / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / 糖新生 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, A. / Dombrovski, L. / Wernimont, A. / Smil, D. / Getlik, M. / Senisterra, G. / Poda, G. / Al-Awar, R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Dong, A. / Dombrovski, L. / Wernimont, A. / Smil, D. / Getlik, M. / Senisterra, G. / Poda, G. / Al-Awar, R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Schapira, M. / Vedadi, M. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of WDR5, WD repeat domain 5 in complex with compound SGC-DS-MT-0345 著者: Dombrovski, L. / Dong, A. / Wernimont, A. / Smil, D. / Getlik, M. / Senisterra, G. / Poda, G. / Al-Awar, R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Schapira, M. / Vedadi, M. / Wu, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qqe.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qqe.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ia9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34289.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIG3, WDR5 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)V2RpRARE / 参照: UniProt: P61964 |
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-非ポリマー , 5種, 229分子
#2: 化合物 | ChemComp-37F / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-UNX / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97959 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97959 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.226 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4IA9 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.241 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.07 Å2 / Biso mean: 23.283 Å2 / Biso min: 14.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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