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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qn9 | ||||||
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タイトル | Structure of human NAPE-PLD | ||||||
要素 | N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PLD / NAPE / anandamide / bile acid / phospholipase / inflammation / pain / complex / NAE / AEA / OEA / PEA / MBL / PE / cannabinoid / fat / acyl / deoxycholate / obesity / phospholipid / membrane / steroid / drug / alpha-beta-beta-alpha fold / phosphodiesterase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylphosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D / : / Biosynthesis of A2E, implicated in retinal degradation / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / membrane-bounded organelle / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / bile acid binding ...N-acetylphosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D / : / Biosynthesis of A2E, implicated in retinal degradation / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / membrane-bounded organelle / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / bile acid binding / retinoid metabolic process / photoreceptor outer segment membrane / temperature homeostasis / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of inflammatory response / nuclear envelope / early endosome membrane / early endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.652 Å | ||||||
データ登録者 | Garau, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Structure of human N-acylphosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D: regulation of fatty acid ethanolamide biosynthesis by bile acids. 著者: Magotti, P. / Bauer, I. / Igarashi, M. / Babagoli, M. / Marotta, R. / Piomelli, D. / Garau, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qn9.cif.gz | 310.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qn9.ent.gz | 257.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qn9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qn9_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qn9_full_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4qn9_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qn9_validation.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qn9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45654.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C7orf18, NAPEPLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6IQ20, N-acetylphosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D |
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-非ポリマー , 5種, 118分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DXC / ( #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.9 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.652→82.358 Å / Num. all: 35852 / Num. obs: 35841 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.652→2.72 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.652→82.358 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 19.409 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.844 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.652→82.358 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 5559 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 3.54 Å / Weight position: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.652→2.721 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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