+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q2a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | WNK1: A chloride sensor via autophosphorylation | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase WNK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / protein serine/threonine kinase / kinase (キナーゼ) / ATP-binding / unphosphorylated | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / monoatomic cation homeostasis / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / monoatomic cation homeostasis / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of sodium ion transmembrane transport / intracellular chloride ion homeostasis / non-membrane-bounded organelle assembly / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of systemic arterial blood pressure / potassium channel inhibitor activity / potassium ion homeostasis / cellular hyperosmotic response / cellular response to chemokine / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / cell volume homeostasis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / protein kinase activator activity / intracellular non-membrane-bounded organelle / sodium ion transmembrane transport / GABA-ergic synapse / phosphatase binding / monoatomic ion transport / regulation of sodium ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / cellular response to calcium ion / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of autophagy / modulation of chemical synaptic transmission / 紡錘体 / 血圧 / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / heart development / T cell receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / シグナル伝達 / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Piala, A. / Moon, T. / Akella, R. / He, H. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2014 タイトル: Chloride Sensing by WNK1 Involves Inhibition of Autophosphorylation. 著者: Piala, A.T. / Moon, T.M. / Akella, R. / He, H. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q2a.cif.gz | 125.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4q2a.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2a | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33122.168 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 194-480) / 変異: S382A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hsn2, Prkwnk1, Wnk1 / プラスミド: PHIS Parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-BR / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 26% PEG2000 MME, 300 mM sodium bromide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91997 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→43.409 Å / Num. all: 3680 / Num. obs: 3290 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.288 / Net I/σ(I): 44.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 3FPQ 3fpq 解像度: 3.5→43.409 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 87.762 / SU ML: 0.633 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.882 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 114.639 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→43.409 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.3208 Å / Origin y: 0.3161 Å / Origin z: 17.265 Å
|