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- PDB-4p02: Structure of Bacterial Cellulose Synthase with cyclic-di-GMP bound. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p02
タイトルStructure of Bacterial Cellulose Synthase with cyclic-di-GMP bound.
要素
  • (Cellulose Synthase subunit ...) x 2
  • unidentified peptide
キーワードTRANSFERASE / membrane protein / allosteric activator / biofilm formation / cellulose biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase / Glycosyltransferase like family 2 / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Chitobiase; domain 2 / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Galactose-binding domain-like / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Thrombin, subunit H / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-C2E / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Cellulose synthase catalytic subunit [UDP-forming] / Cyclic di-GMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Morgan, J.L.W. / McNamara, J.T. / Zimmer, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM101001 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1315231. 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Mechanism of activation of bacterial cellulose synthase by cyclic di-GMP.
著者: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Zimmer, J.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32014年12月24日Group: Database references
改定 2.02017年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_asym_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_asym_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose Synthase subunit A
B: Cellulose Synthase subunit B
D: unidentified peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,85512
ポリマ－167,4363
非ポリマー7,4199
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area57810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.640, 214.660, 220.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Cellulose Synthase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cellulose Synthase subunit A


分子量: 90014.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: RSP_0333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: タンパク質 Cellulose Synthase subunit B


分子量: 76636.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: RSP_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J126

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 D

#3: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2774.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,17,16/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1_j4-k1_k4-l1_l4-m1_m4-n1_n4-o1_o4-p1_p4-q1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#6: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.28 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The well solution contained: 1.65-1.9 M Sodium Acetate, 100 mM Sodium Citrate (pH 3-3.5)
PH範囲: 3-3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→34.75 Å / Num. obs: 86345 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.114 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→19.99 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 4307 5.01 %
Rwork0.199 --
obs0.2 85948 91.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10666 0 369 0 11035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75415496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7974276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041964
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.68010.36191350.32882718X-RAY DIFFRACTION92
2.6801-2.71150.32241610.30182772X-RAY DIFFRACTION93
2.7115-2.74450.33171430.27762680X-RAY DIFFRACTION93
2.7445-2.77910.30751620.28342716X-RAY DIFFRACTION93
2.7791-2.81560.31211520.26932785X-RAY DIFFRACTION93
2.8156-2.85410.29791220.24992715X-RAY DIFFRACTION93
2.8541-2.89470.28991280.25382724X-RAY DIFFRACTION93
2.8947-2.93780.28011250.25162804X-RAY DIFFRACTION93
2.9378-2.98360.31141310.24852707X-RAY DIFFRACTION93
2.9836-3.03230.24871450.23682725X-RAY DIFFRACTION93
3.0323-3.08440.28641150.23112806X-RAY DIFFRACTION92
3.0844-3.14030.28051410.22382667X-RAY DIFFRACTION93
3.1403-3.20050.24661560.23222745X-RAY DIFFRACTION92
3.2005-3.26550.26261400.21642690X-RAY DIFFRACTION92
3.2655-3.33620.26541460.21712731X-RAY DIFFRACTION92
3.3362-3.41340.2291380.20662730X-RAY DIFFRACTION92
3.4134-3.49840.27541450.20892724X-RAY DIFFRACTION92
3.4984-3.59240.22861560.2052712X-RAY DIFFRACTION92
3.5924-3.69750.25551480.19722700X-RAY DIFFRACTION91
3.6975-3.81610.23511480.19412713X-RAY DIFFRACTION92
3.8161-3.95140.19161640.18112702X-RAY DIFFRACTION91
3.9514-4.10830.23851450.18112702X-RAY DIFFRACTION91
4.1083-4.29360.23191450.17042711X-RAY DIFFRACTION91
4.2936-4.51750.19111410.17042732X-RAY DIFFRACTION91
4.5175-4.79680.17071260.16042718X-RAY DIFFRACTION90
4.7968-5.16130.18551370.16762699X-RAY DIFFRACTION90
5.1613-5.66990.231700.18762681X-RAY DIFFRACTION89
5.6699-6.46590.21181260.19742702X-RAY DIFFRACTION89
6.4659-8.05660.23131590.18872688X-RAY DIFFRACTION88
8.0566-19.98660.16991570.17462742X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14630.51030.30532.9611-0.94852.30030.08930.1421-0.1243-0.5093-0.1584-0.25920.5430.2260.12840.57180.14120.05650.54310.22390.516712.8742-15.2332-69.1505
22.00321.0079-0.79233.9298-3.34226.58510.07160.1843-0.3452-0.5902-0.2836-0.31280.58761.04780.43630.83160.33630.21150.81720.20740.629223.86472.4627-95.7718
31.5223-0.4271-0.07713.0283-0.72222.56860.05480.125-0.1955-1.03150.08360.38290.5998-0.4324-0.19231.10820.0262-0.07010.67450.14780.5612.528910.8773-109.7584
40.86080.0808-0.541.3775-1.47792.55160.02560.055-0.066-0.69090.09850.10040.5521-0.1554-0.11420.77420.0512-0.010.59020.17790.61484.3484-2.1114-85.2804
52.29480.27190.00231.45860.84643.12730.06590.28620.0679-0.8279-0.2261.4908-0.2883-0.6604-0.29860.8567-0.1024-0.25340.95420.11511.0088-13.0387-3.0043-91.1022
62.9491-0.36480.39612.73280.01163.78710.0229-0.09510.1523-0.54980.37540.89820.3364-0.8274-0.35770.50420.0168-0.0440.71990.39690.8925-16.22169.8894-77.9898
70.37790.30410.18752.6159-2.13051.43750.0129-0.1288-0.00870.12810.09240.2175-0.1104-0.0438-0.11910.50310.09850.07180.47410.08440.45312.18226.0651-85.3731
81.7527-0.54840.08283.0928-1.23731.9089-0.164-0.55910.40410.44230.3040.5237-0.5004-0.3006-0.3280.67020.0880.16110.67940.22520.6049-6.054614.4801-70.5826
93.3058-0.78350.25526.89280.3373.85480.141-0.15020.2487-0.2401-0.1263-0.1248-0.25660.01120.10480.5291-0.069-0.00590.4720.10660.45443.3022-36.7269-12.1589
103.3862-1.1439-0.35342.93990.03661.91660.0357-0.20640.30380.1686-0.03910.1964-0.1586-0.2196-0.04270.4216-0.02490.03010.44810.01230.5313-6.4438-31.6335-9.9294
113.3314-0.29720.782.4185-0.07112.59260.1537-0.1638-0.3829-0.03040.0398-0.0290.44840.3305-0.06930.64840.0009-0.07810.40790.0840.52921.1071-51.0811-7.2608
120.9319-0.98840.69841.853-1.79232.21940.33750.0335-0.3754-0.38980.21770.20280.910.0435-0.26750.7163-0.0411-0.08920.49670.00910.460912.4302-51.7877-24.4776
131.5906-0.5262-0.03671.5118-0.36061.52830.04260.11660.0468-0.0640.09290.27540.275-0.3363-0.18460.4005-0.09370.00240.58090.19690.4819-6.4743-26.9105-38.2816
142.3178-1.7052-0.00092.34960.47720.50230.23960.6695-0.09470.1129-0.09450.02560.05850.13130.06620.3306-0.0071-0.01350.55880.21650.47642.6666-27.0311-39.4189
150.96880.03730.14521.2693-0.44691.94250.20850.2831-0.0735-0.1465-0.16580.03070.33580.1034-0.05570.4157-0.0816-0.0050.37760.13460.39588.6312-33.9506-30.2282
163.03080.69770.13054.60480.22642.51930.3910.41270.4003-0.3828-0.6687-0.6089-0.26630.32620.19260.46180.03020.03170.81190.2230.549431.3776-29.8751-27.5561
170.9846-0.60861.12261.391-1.92382.9410.09290.24320.45380.2244-0.1027-0.0677-0.08970.01040.11490.5604-0.02750.03110.75060.19580.600210.2242-13.1322-40.4767
181.9244-0.12752.83050.373-0.36624.21670.31510.11210.70830.5099-0.247-0.7647-0.63761.13820.43410.7966-0.13640.09451.19960.33991.15828.2045-7.8366-43.4815
192.3432-0.07261.4692.641-1.00262.35110.1120.11430.39850.1622-0.15310.1097-0.14650.0054-0.03530.4772-0.03710.03660.50060.13660.461221.9565-28.2045-27.3425
200.25770.2638-0.87731.8973-1.10274.23820.04370.2083-0.0496-0.3271-0.2722-0.30810.72630.40660.17390.5040.21320.11240.92730.27580.556322.5074-22.798-63.5932
218.83012.2994-0.23912.1201-3.26316.8470.2239-0.0647-0.26920.41730.3610.39220.0453-0.3081-0.39380.51260.06020.00250.59290.15050.718541.876-23.4088-26.0321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 13:117)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 118:138)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 139:269)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 270:487)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 488:511)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 512:529)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 530:702)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 703:740)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 54:92)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 93:187)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 188:286)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 287:317)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 318:401)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 402:420)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 421:492)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 493:528)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 529:582)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 583:597)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 598:666)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 667:720)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN D AND RESID 169:177)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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