PDB-2iz0: PEX inhibitor-home data

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iz0

タイトル

PEX inhibitor-home data

要素

6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PENTOSE SHUNT / GLUCONATE UTILIZATION / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / organic acid catabolic process / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Sundaramoorthy, R. / Iulek, J. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of a Bacterial 6- Phosphogluconate Dehydrogenase Reveal Aspects of Specificity, Mechanism and Mode of Inhibition by Analogues of High-Energy Reaction Intermediates.
著者: Sundaramoorthy, R. / Iulek, J. / Barrett, M.P. / Bidet, O. / Ruda, G.F. / Gilbert, I.H. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2006年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iz0.cif.gz	334.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iz0.ent.gz	270.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iz0_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iz0_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	2iz0_validation.xml.gz	69.4 KB	表示
CIF形式データ	2iz0_validation.cif.gz	106.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iyoC 2iypC 2iz1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iz1-1 2zyg-1 1pgp-1 6fqx-2 1pgj-d 7cb5-1 7cb0-2 2zya-d 2iyp-1 7cb5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

B: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

C: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

ヘテロ分子

161 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

B: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

ヘテロ分子

C: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.957, 104.459, 241.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	5 - 8	7 - 10
2	1	ASN	ASN	VAL	VAL	C	C	5 - 8	7 - 10
1	2	VAL	VAL	THR	THR	B	B	22 - 28	24 - 30
2	2	VAL	VAL	THR	THR	C	C	22 - 28	24 - 30
1	3	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	66 - 130	68 - 132
2	3	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	66 - 130	68 - 132
1	4	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	137 - 260	139 - 262
2	4	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	137 - 260	139 - 262
1	5	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	265 - 295	267 - 297
2	5	GLY	GLY	LYS	LYS	C	C	265 - 295	267 - 297
1	6	PHE	PHE	ILE	ILE	B	B	312 - 427	314 - 429
2	6	PHE	PHE	ILE	ILE	C	C	312 - 427	314 - 429
1	7	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	445 - 453	447 - 455
2	7	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	445 - 453	447 - 455
1	8	HIS	HIS	TYR	TYR	B	B	465 - 469	467 - 471
2	8	HIS	HIS	TYR	TYR	C	C	465 - 469	467 - 471

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.5986, -0.7652, -0.237), (-0.7613, -0.6355, 0.1288), (-0.2492, 0.1033, -0.9629)	27.24, 5.682, 157.7
2	given	(-0.3628, 0.9129, 0.1871), (-0.9136, -0.388, 0.1215), (0.1836, -0.1269, 0.9748)	11.66, 5.619, 79.41

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING 分子量: 52777.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / 株: MG1363 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P96789, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)

-
非ポリマー , 9種, 1666分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-RES / 4-PHOSPHO-D-ERYTHRONOHYDROXAMIC ACID 分子量: 231.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀NO₈P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-ATR / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING OSCILLATION PHOTOGRAPH
結晶化	pH: 7.2 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.4, 300MM AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月22日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45 Å / Num. obs: 52468 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 41.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→235.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.583 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	2659	5.1 %	RANDOM
R_work	0.123	-	-	-
obs	0.126	49749	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0 Å²	-0.48 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→235.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11008	0	192	1652	12852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	11939
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.987	16261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	25259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.781	5	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.883	24.885	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.146	15	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.118	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	11598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	7013
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.608	2	7762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.948	3	11609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.403	4.5	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.042	6	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	2090	medium positional	0.13	0.5
2	C	2090	medium positional	0.13	0.5
1	B	3144	loose positional	0.31	5
2	C	3144	loose positional	0.31	5
1	B	2090	medium thermal	0.34	2
2	C	2090	medium thermal	0.34	2
1	B	3144	loose thermal	0.74	10
2	C	3144	loose thermal	0.74	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.263	194
R_work	0.161	2987

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3814	-0.1877	-0.2862	0.7152	0.4902	1.3488	0.0327	-0.0157	-0.0204	-0.1291	-0.0261	0.0635	0.0893	-0.0983	-0.0066	-0.0626	-0.0254	-0.0442	-0.0344	0.0256	-0.0687	-6.7215	4.6634	64.0563
2	1.5738	1.4286	0.6092	2.1885	0.5202	2.499	-0.0364	-0.0095	-0.001	0.0598	0.0618	-0.134	-0.1382	0.1755	-0.0254	-0.1342	0.0496	-0.0021	-0.1002	-0.0277	-0.0102	1.7662	33.2401	90.3907
3	0.5453	-0.1948	0.4105	0.399	-0.1796	0.7983	0.0022	-0.0508	0.0282	-0.0064	0.0009	0.0084	0.0086	-0.0881	-0.0031	-0.1044	-0.0044	0.0176	-0.0427	-0.0179	-0.0481	4.0974	15.9596	98.5504
4	1.7349	0.1167	0.1314	1.6853	0.9839	3.4749	0.0325	0.1206	-0.3745	-0.1197	-0.144	0.0641	0.3016	-0.3875	0.1115	-0.0701	-0.0916	-0.0424	0.0098	-0.0135	-0.0222	-17.1855	-5.6734	73.5033
5	0.3024	-0.0162	-0.2163	0.572	0.2462	1.1083	-0.0295	-0.0476	-0.02	0.0784	0.0259	0.0435	0.132	0.0451	0.0037	-0.006	-0.0059	0.0059	-0.0888	0.0225	-0.0583	-3.466	-13.2073	18.2219
6	2.4432	0.3901	-0.9187	1.3309	-0.2069	2.606	0.0153	0.0978	0.1276	-0.1863	0.0007	-0.1824	0.0096	0.285	-0.016	0.0146	0.0803	0.0501	-0.1163	0.0076	-0.0154	19.8905	-20.8883	-12.0844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 427
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1470 - 1474
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	431 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 427
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1470
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	431 - 469
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 427
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1470
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	431 - 469

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