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万見
- PDB-2zyg: Apo-form of dimeric 6-phosphogluconate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zyg
タイトルApo-form of dimeric 6-phosphogluconate dehydrogenase
要素6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP / pentose phosphate pathway / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate
機能・相同性
機能・相同性情報


D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / organic acid catabolic process / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / 6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase ...6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / 6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, Y.-Y. / Ko, T.-P. / Lo, L.-P. / Lin, C.-H. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Conformational changes associated with cofactor/substrate binding of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae: Implications for enzyme mechanism
著者: Chen, Y.-Y. / Ko, T.-P. / Chen, W.-H. / Lo, L.-P. / Lin, C.-H. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1632
ポリマ－106,1632
非ポリマー00
水18,1771009
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1632
ポリマ－106,1632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area10470 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
2
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1632
ポリマ－106,1632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area10690 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area32830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.748, 112.748, 118.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-633-

HOH

21A-938-

HOH

31A-939-

HOH

41B-811-

HOH

51B-940-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量: 53081.699 Da / 分子数: 2 / 変異: A134T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: NTUH-K2044 / 遺伝子: gnd / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q762L5, UniProt: A0A0J9WZ66*PLUS, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.12M diammonium hydrogen citrate, 20% PEG3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 51413 / Num. obs: 51259 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5044 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2zyd

2zyd


解像度: 2.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2125 2437 -RANDOM
Rwork0.1563 ---
obs0.1591 46159 94.6 %-
all-48596 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7230 0 0 1009 8239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.63401
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.16221
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.0419
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 226 -
Rwork0.2026 --
obs-4539 89.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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