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- PDB-4oyc: Crystal structure of the PrgK periplasmic domain 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyc
タイトルCrystal structure of the PrgK periplasmic domain 2
要素Lipoprotein PrgK
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T3SS / macromolecular assembly / inner-membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / ANL, C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bergeron, J.R.C. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The modular structure of the inner-membrane ring component PrgK facilitates assembly of the type III secretion system basal body.
著者: Julien R C Bergeron / Liam J Worrall / Soumya De / Nikolaos G Sgourakis / Adrienne H Cheung / Emilie Lameignere / Mark Okon / Gregory A Wasney / David Baker / Lawrence P McIntosh / Natalie C J Strynadka /
要旨: The type III secretion system (T3SS) is a large macromolecular assembly found at the surface of many pathogenic Gram-negative bacteria. Its role is to inject toxic "effector" proteins into the cells ...The type III secretion system (T3SS) is a large macromolecular assembly found at the surface of many pathogenic Gram-negative bacteria. Its role is to inject toxic "effector" proteins into the cells of infected organisms. The molecular details of the assembly of this large, multimembrane-spanning complex remain poorly understood. Here, we report structural, biochemical, and functional analyses of PrgK, an inner-membrane component of the prototypical Salmonella typhimurium T3SS. We have obtained the atomic structures of the two ring building globular domains and show that the C-terminal transmembrane helix is not essential for assembly and secretion. We also demonstrate that structural rearrangement of the two PrgK globular domains, driven by an interconnecting linker region, may promote oligomerization into ring structures. Finally, we used electron microscopy-guided symmetry modeling to propose a structural model for the intimately associated PrgH-PrgK ring interaction within the assembled basal body.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein PrgK
B: Lipoprotein PrgK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0152
ポリマ－24,0152
非ポリマー00
水1267
1
A: Lipoprotein PrgK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0071
ポリマ－12,0071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipoprotein PrgK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0071
ポリマ－12,0071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.190, 34.740, 64.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Oligomeric state is 24-mer as determined by Electron Microscopy

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein PrgK


分子量: 12007.386 Da / 分子数: 2 / 断片: 96-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: prgK, STM2871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41786
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate pH 5.5, 20 % PEG 6000, 50 mM NaCl, 50 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→36.09 Å / Num. obs: 4992 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 54.04 Å2 / Net I/σ(I): 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YJ7

1yj7


解像度: 2.6→36.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8703 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.341
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 276 5.53 %RANDOM
Rwork0.2273 ---
obs0.229 4992 98.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.7306 Å20 Å2-0.3369 Å2
2---33.1022 Å20 Å2
3---18.3717 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.381 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1337 0 0 7 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091357HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.091832HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d475SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes32HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes197HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1357HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion181SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1455SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.91 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3191 72 5.26 %
Rwork0.2513 1296 -
all0.2551 1368 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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