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万見
- PDB-4ooy: Avibactam and class C beta-lactamases: mechanism of inhibition, c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ooy
タイトルAvibactam and class C beta-lactamases: mechanism of inhibition, conservation of binding pocket and implications for resistance
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / B-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / Carbamoylation with the inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Β-ラクタマーゼ / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Lahiri, S.D. / Olivier, N.B. / Alm, R.A.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Avibactam and Class C beta-Lactamases: Mechanism of Inhibition, Conservation of the Binding Pocket, and Implications for Resistance.
著者: Lahiri, S.D. / Johnstone, M.R. / Ross, P.L. / McLaughlin, R.E. / Olivier, N.B. / Alm, R.A.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Non-polymer description
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6382
ポリマ－39,3701
非ポリマー2671
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.757, 71.269, 106.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ / Cephalosporinase


分子量: 39370.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: ampC, PA4110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24735, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form, NXL104, bound form / Avibactam


分子量: 267.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 8000, 0.1M K2HSO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月8日 / 詳細: Dectris Pilatus 6M Pixel Array
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.105→106.129 Å / Num. all: 105856 / Num. obs: 124681 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.19-1.256.60.8197889148630.893.5
1.25-1.336.80.5481.496319142340.54894.6
1.33-1.426.50.377286987134680.37795.2
1.42-1.536.90.2153.586930126350.21595.6
1.53-1.686.60.1226.377224117680.12296.6
1.68-1.886.80.07210.472984107980.07297.3
1.88-2.176.70.04415.96442896150.04498.2
2.17-2.656.30.03122.65144482280.03198.6
2.65-3.756.60.02522.74269364960.02599.3
3.75-106.1296.20.024222307337510.02499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→59.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1708 / WRfactor Rwork: 0.1497 / FOM work R set: 0.892 / SU B: 0.491 / SU ML: 0.023 / SU R Cruickshank DPI: 0.0327 / SU Rfree: 0.0349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 6597 5 %RANDOM
Rwork0.1647 ---
obs0.1658 124681 95.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50 Å2 / Biso mean: 13.893 Å2 / Biso min: 5.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→59.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2781 0 17 536 3334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0192918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4991.9773981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21636395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5745374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69123.284134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07615461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6581525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2741.0531453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2471.051450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7461.5841817
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 451 -
Rwork0.348 8544 -
all-8995 -
obs--88.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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