+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nvm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Predicting protein conformational response in prospective ligand discovery | ||||||
要素 | Cytochrome c peroxidaseシトクロムcペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Model system / flexibility (剛性) / dynamic / loop / side-chains / energy penalty / occupancy (収容) / Boltzmann weights / flexible docking / ligand binding (リガンド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Fischer, M. / Fraser, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2014 タイトル: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery. 著者: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nvm.cif.gz | 154.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4nvm.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nvm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/4nvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/4nvm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4nvaC 4nvbC 4nvcC 4nvdC 4nveC 4nvfC 4nvgC 4nvhC 4nviC 4nvjC 4nvkC 4nvlC 4nvnC 4nvoC 4oq7C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#1: タンパク質 | 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-362 / 変異: P190G, W191G, DELETIONS G192-A193 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: RM11-1A / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3LRE1 |
---|
-非ポリマー , 5種, 347分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-2O0 / |
#5: 化合物 | ChemComp-MES / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer (pH 6.0) and 25% MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→31.5 Å / Num. all: 61457 / Num. obs: 61457 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4115 / % possible all: 90.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→31.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / FOM work R set: 0.91 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.5 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.17 Å2 / Biso mean: 19.4268 Å2 / Biso min: 8.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→31.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
|