+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xv6 | |||||||||||||||
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Title | CcP gateless cavity | |||||||||||||||
Components | Cytochrome c peroxidase, mitochondrial | |||||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Model system / flexibility / thermodynamics / cryptic site / transient protein sites / ligand binding | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.55 Å | |||||||||||||||
Authors | Fischer, M. / Fraser, J.S. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2015 Title: One Crystal, Two Temperatures: Cryocooling Penalties Alter Ligand Binding to Transient Protein Sites. Authors: Fischer, M. / Shoichet, B.K. / Fraser, J.S. #1: Journal: Nat Chem / Year: 2014 Title: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery. Authors: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xv6.cif.gz | 152.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xv6.ent.gz | 119.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xv6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xv6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32928.582 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: P190G, W191G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-MES / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: CRYSTAL GROWN IN EQUAL VOLUME OF 500mM MES BUFFER AND 25% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 273 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 0.95372 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Number: 248367 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.96 / D res high: 1.55 Å / Num. obs: 62017 / % possible obs: 99.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.55→33.42 Å / Num. obs: 62017 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55→33.42 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 12.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→33.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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