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- PDB-4nkg: Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nkg
タイトルCrystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
  • Serine/threonine-protein kinase N1
キーワードLigase/Transferase / LEUCINE-RICH REPEAT (ロイシンリッチリピート) / COILED-COIL (コイルドコイル) / E3 ligase substrate interaction / Ligase-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell migration / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / renal system process / regulation of germinal center formation / protein secretion by the type III secretion system / B cell apoptotic process / histone H3T11 kinase activity / hyperosmotic response / regulation of cell motility ...epithelial cell migration / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / renal system process / regulation of germinal center formation / protein secretion by the type III secretion system / B cell apoptotic process / histone H3T11 kinase activity / hyperosmotic response / regulation of cell motility / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / nuclear androgen receptor binding / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / negative regulation of B cell proliferation / 分裂溝 / B cell homeostasis / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases activate PKNs / spleen development / RAC1 GTPase cycle / post-translational protein modification / protein kinase C binding / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein phosphorylation / RING-type E3 ubiquitin transferase / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / small GTPase binding / histone deacetylase binding / ubiquitin-protein transferase activity / midbody / histone binding / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / エンドソーム / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / host cell nucleus / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase N1, second HR1 domain / HR1 repeat / Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / HR1 rho-binding domain ...Serine/threonine-protein kinase N1, second HR1 domain / HR1 repeat / Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Alpha-Beta Horseshoe / C2ドメイン / C2 domain profile. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Leucine-rich repeat profile. / C2 domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Helix Hairpins / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / E3 ubiquitin-protein ligase SspH1 / Serine/threonine-protein kinase N1
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Keszei, A.F.A. / Xiaojing, T. / Mccormick, C. / Zeqiraj, E. / Rohde, J.R. / Tyers, M. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of an SspH1-PKN1 Complex Reveals the Basis for Host Substrate Recognition and Mechanism of Activation for a Bacterial E3 Ubiquitin Ligase.
著者: Keszei, A.F. / Tang, X. / McCormick, C. / Zeqiraj, E. / Rohde, J.R. / Tyers, M. / Sicheri, F.
履歴
登録2013年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
B: Serine/threonine-protein kinase N1
C: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
D: Serine/threonine-protein kinase N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5296
ポリマ－71,2934
非ポリマー2362
水543
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
B: Serine/threonine-protein kinase N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7653
ポリマ－35,6472
非ポリマー1181
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
D: Serine/threonine-protein kinase N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7653
ポリマ－35,6472
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.623, 167.623, 89.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細There are two heterodimers in the asymmetric unit. The biological heterodimer belongs to the pairs: (i) Chain A and Chain B, and (ii) Chain C and Chain D.

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase sspH1 / Salmonella secreted protein H1 / Secreted effector protein sspH1


分子量: 26580.072 Da / 分子数: 2 / 断片: LRR domains, UNP residues 161-405 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 14028S / 遺伝子: sspH1, STM14_1483 / プラスミド: pProEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3) RIL
参照: UniProt: D0ZVG2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase N1 / Protease-activated kinase 1 / PAK-1 / Protein kinase C-like 1 / Protein kinase C-like PKN / Protein ...Protease-activated kinase 1 / PAK-1 / Protein kinase C-like 1 / Protein kinase C-like PKN / Protein kinase PKN-alpha / Protein-kinase C-related kinase 1 / Serine-threonine protein kinase N


分子量: 9066.469 Da / 分子数: 2 / 断片: HR1b domain, REM 2 domain, UNP residues 122-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1, PKN, PKN1, PRK1, PRKCL1 / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q16512, protein kinase C
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.74 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 32240 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→39.35 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1615 5.05 %
Rwork0.209 --
obs0.21 32008 99.3 %
all-32008 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.45 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5617 Å20 Å20 Å2
2---2.5617 Å2-0 Å2
3---5.1234 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 16 3 4507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6896350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6021794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003830
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9009-2.98620.3841330.32172513X-RAY DIFFRACTION99
2.9862-3.08250.30311500.28712496X-RAY DIFFRACTION100
3.0825-3.19270.3351260.27192523X-RAY DIFFRACTION100
3.1927-3.32040.31981470.27052500X-RAY DIFFRACTION100
3.3204-3.47150.31081520.25642495X-RAY DIFFRACTION100
3.4715-3.65440.2591340.22462542X-RAY DIFFRACTION100
3.6544-3.88310.22111270.20522527X-RAY DIFFRACTION99
3.8831-4.18270.21991240.18082530X-RAY DIFFRACTION100
4.1827-4.6030.21021270.17372551X-RAY DIFFRACTION99
4.603-5.26770.21311250.18092553X-RAY DIFFRACTION99
5.2677-6.63160.2291360.20362540X-RAY DIFFRACTION99
6.6316-39.35630.21671340.19782615X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3179-0.67362.98315.96281.55774.6952-0.0091-0.87380.15030.6711-0.0597-0.21330.1258-1.52560.06270.5719-0.07660.04370.5759-0.02250.630765.1743-26.936366.6404
24.52820.9560.41977.07390.71557.65280.3032-0.3337-0.61790.2002-0.0962-0.88720.4431-0.5284-0.13370.296-0.0832-0.12910.15740.01490.676366.418-30.224255.5435
33.65681.72841.07484.7425-0.99257.3981-0.46670.4935-0.3141-0.67560.2845-0.1066-0.2593-0.27340.30160.5254-0.0882-0.02980.246-0.06850.812967.7714-25.568333.452
44.6335-1.1665-4.58289.1142.04874.62350.29240.1241-1.0636-0.9292-0.34840.78780.0004-0.5141-0.4691.3196-0.1582-0.49110.88630.21631.156760.8802-18.909213.0579
54.94263.06045.92756.17152.40539.0529-0.26850.31741.3193-1.1708-0.31920.1539-0.5364-0.36490.68071.0370.115-0.16360.39590.0331.059367.018-5.310633.2536
63.71062.44370.95135.92892.05092.70580.5377-0.3661-0.15340.77730.16840.1730.502-0.1288-0.58360.93110.0739-0.08280.26290.16060.90268.7163-9.205141.6699
79.1172.92070.77487.65854.99213.57440.29510.7951-0.7145-0.3609-0.1387-1.2494-0.4653-0.3509-0.33440.3934-0.07450.02410.6779-0.09540.523362.2299-55.341119.4341
88.47575.84291.4585.72423.65426.0139-0.17751.1281.2197-1.1757-0.29612.458-1.413-0.74190.37260.52320.0198-0.14850.67610.13490.731355.2963-49.059222.0322
92.98490.6221-0.67192.92211.40985.26960.3130.2713-0.0585-0.5370.0075-0.0458-0.4436-0.3614-0.46180.2983-0.12080.03730.4872-0.03960.730758.0188-51.048830.2773
102.0108-0.3958-0.87644.9065-1.24944.52980.0922-0.05090.11630.8652-0.0258-1.0471-0.3208-0.09340.00180.3754-0.2646-0.10710.4083-0.07440.829659.8566-56.437146.2292
116.960.6810.02322.37832.35488.5516-0.0353-0.53940.03251.880.0165-0.6591-0.7201-0.2208-0.02251.3752-0.3744-0.09710.6634-0.02630.605754.9551-58.133261.4696
127.2221-3.7615-0.45352.44171.76224.85340.1065-0.85510.56770.11660.2148-1.09610.3379-0.4097-0.39691.453-0.29650.17210.6139-0.1250.803151.6692-61.303165.2547
135.2016-2.50983.21012.6487-0.23583.58280.3692-1.78710.06041.0657-0.26250.45371.0501-1.6937-0.43631.5516-0.61740.3011.3638-0.11710.904747.305-59.449272.1301
141.8118-0.46980.75367.30372.53162.1024-0.0599-0.1726-0.48030.47010.1661-0.03520.3832-0.1821-0.18940.6393-0.41020.16750.68410.06191.070142.1294-72.542554.59
151.60341.99372.30595.56735.77636.16130.37521.27520.1028-0.06190.3641-1.53480.51312.1797-1.38521.3274-0.2420.20192.0947-0.32441.907158.1782-86.001241.1448
166.39580.0697-3.09071.6218-0.91716.2333-0.23430.5817-0.2588-0.63190.32990.1183-0.3354-0.0783-0.22040.5516-0.29670.18540.5716-0.04020.842545.5799-68.922847.489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 162:211)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 212:244)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 245:373)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 374:394)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 125:151)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 152:190)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 160:178)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 179:195)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 196:223)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 224:318)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 319:338)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 339:353)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 354:394)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 125:151)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 152:156)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 157:189)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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