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- PDB-3td7: Crysal structure of the mimivirus sulfhydryl oxidase R596 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3td7
タイトルCrysal structure of the mimivirus sulfhydryl oxidase R596
要素FAD-linked sulfhydryl oxidase R596
キーワードOXIDOREDUCTASE / four helix-bundle / ORFan domain / Oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / virion component / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase R596, ORFan domain / : / Mimivirus sulfhydryl oxidase R596-like, C-terminal domain / Sulfhydryl oxidase ALR/ERV / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Sulfhydryl oxidase R596, ORFan domain / : / Mimivirus sulfhydryl oxidase R596-like, C-terminal domain / Sulfhydryl oxidase ALR/ERV / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Probable FAD-linked sulfhydryl oxidase R596
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Hakim, M. / Fass, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Exploring ORFan domains in giant viruses: structure of mimivirus sulfhydryl oxidase R596.
著者: Hakim, M. / Ezerina, D. / Alon, A. / Vonshak, O. / Fass, D.
履歴
登録2011年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-linked sulfhydryl oxidase R596
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9882
ポリマ－34,2031
非ポリマー7861
水2,198122
1
A: FAD-linked sulfhydryl oxidase R596
ヘテロ分子

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase R596
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9774
ポリマ－68,4062
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area7730 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.306, 91.306, 200.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 FAD-linked sulfhydryl oxidase R596


分子量: 34202.867 Da / 分子数: 1 / 変異: C23A, C201A, C229A, C266A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_R596, R596 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5UP54, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.5365.18
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 200 mM magnesium chloride, 200 mM lithium sulfate, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), and 15-20% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: Pilatus 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月29日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→45 Å / Num. all: 25626 / Num. obs: 25063 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 19.3 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 19.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3431 / Rsym value: 0.743 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.21→45 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.253 1718 RANDOM
Rwork0.227 --
all-25047 -
obs-23329 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 0 53 122 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07852
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006669

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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